민주통합당은 당헌 제94조에 대통령 후보자의 선출은 국민경선 또는 국민참여경선을 원칙으로 한다고 규정하고 있다. 대선 경선은 6월9일 새 지도부가 선출되는 만큼 7월께 시작해 8월 중 막을 내릴 것으로 관측되고 있다.
새 지도부는 대선 경선의 선거인단 구성을 비롯한 경선 방법, 선거운동 및 투ㆍ개표 등 구체적 사항을 담은 당규를 제정해야 한다. 특히 지난 총선에서 시행됐던 일반 유권자의 모바일 경선 참여를 계속할지, 할 경우 어느 수준까지 허용할지를 놓고 후보들 간 격론이 오갈 것으로 보인다. 당장 6월9일 전당대회를 앞두고 당 대표 등을 뽑는 데 모바일 참여를 계속 허용할지가 벌써부터 논란이 되고 있기 때문이다. 민주통합당은 새 지도부 선출 후 대선기획단을 발족시켜 세부적인 경선 룰을 논의할 예정이다.
민주통합당 대선 후보 경선에는 안철수 서울대 융합과학기술대학원장의 대선 출마 변수도 크다. 문성근 대표 직무대행 등 당 지도부나 주요 대선 주자들은 안 원장이 민주통합당 경선에 참여해 공정한 경쟁을 하기를 바라지만 안 원장은 민주통합당 대선 후보가 결정된 후 단일화하기를 바랄 가능성이 높은 편이다. 안 원장이 최종적으로 민주통합당 경선에 참여하지 않으면 민주통합당은 지난해 서울시장 경선처럼 여론조사와 국민참여경선 등을 혼합해 단일 후보를 선출할 것으로 보이지만 양측이 각 항목의 비율을 놓고 엄청난 진통을 겪을 것으로 전망된다.