이 후보자는 '북풍공작사건' 연루 의혹에 대해 강력히 부인했지만 '차떼기 사건'에 대해서는 사죄를 하며 자신에게 제기되는 의혹의 잘잘못에 대해 명확히 선을 그었다.
그는 '북풍공작사건'에 대해 "권영해 당시 안기부장과 제 부하직원들도 다 감옥에 들어갔는데 제가 혼자 살려고 했겠느냐"며 "당시 무혐의로 기소가 안 됐는데 검찰이 특별히 저를 봐줄 이유가 없었다"고 의혹을 일축했다. 당시 이 후보자는 북풍공작의 지휘 라인인 안기부 2차장이었지만 검찰은 권영해 당시 안기부장 등을 사법처리하고 이 후보자는 형사처벌하지 않았다.
그러나 '차떼기 사건'으로 1,000만원의 벌금형을 받은 것에 대해서는 "그 일이 있고 난 후 평생 마음속에 남들에게 얘기도 못하는 그런 심경으로 속죄하는 기분으로 살아왔다"면서 "두번 다시 제 머릿속에서 정치관여랄까, 정치개입이랄까 이런 것에 대해서는 잊어버리고 살겠다"고 반성했다. 이 후보자의 발언에 대해 새누리당은 "벌금 1,000만원으로 그친 것은 이 후보자가 차떼기 사건의 핵심인물이 아니라는 것"이라고 말했지만 새정치연합은 "과거 정치개입 전력이 있는 사람이 어떻게 국정원 개혁을 할 것인지 의문"이라고 평행선을 달렸다.
한편 청문회 도중 박영선 새정치연합 원내대표가 "국정원 직원이 야당 의원들의 질의서를 몰래 촬영하고 있다"고 주장해 정회가 선포되는 해프닝도 있었다. 여야는 정보위 전문위원과 긴급 조사단을 꾸려 국정원 직원 4명의 카메라를 압수해 파일을 검색했지만 별다른 문제를 발견하지 못했다. 그러나 정보위 야당 간사인 신경민 의원은 "임시 취재증을 발급 받은 국정원 직원이 기자 행세를 하며 유독 야당 의원들의 질의서만 촬영한 것은 문제가 있다"며 "기술적으로 파일을 지웠는지 재검증해야 한다"고 주장했다.
