정부는 이를 위해 투자지원제도를 재설계할 방침이다. 투자세액공제는 특정한 분야에 기업이 투자할 경우 일정 부문 세금을 감면해주는 제도인데 당연히 투자 규모가 큰 대기업에 혜택이 집중되는 부작용이 있었다. 분야마다 조금씩 다르지만 대기업에 귀속되는 혜택이 전체 97%에 달하는 공제혜택도 있다.
이에 따라 에너지절약시설 투자세액공제는 현행 10%의 공제율을 적용하던 것을 대기업 3%, 중견기업 4%, 중소기업 5%로 조정할 방침이다. 환경보전시설 투자세액공제(현행 10%)와 연구개발(R&D) 설비 투자세액공제(10%), 의약품 품질관리 개선시설 투자세액공제(7%)도 마찬가지로 3~5%가 각각 적용된다. 일부 투자세액공제 혜택은 세출예산으로 많은 부분이 지원되고 있어 중복 혜택을 줄일 필요도 있다는 게 정부의 입장이다.
R&D와 관련해 비과세ㆍ감면 제도를 폐지하거나 대폭 축소한 것도 대기업 입장에서는 세금이 늘어나는 효과를 낸다. R&D 준비금 손금산입제도가 일몰 종료에 따라 폐지됐다. 이 제도는 R&D에 대비해 기업이 내부에 쌓아놓은 유보금에 세금혜택을 주는 제도인데 실효가 없다는 게 정부의 판단이다. 신재생에너지 기자재 관세 감면이나 환경오염방지물품 관세 감면 등은 대기업은 제외하고 중소기업에만 혜택을 줄 방침이다.
