국방부가 대체복무제를 신설하며 ‘양심적 병역거부’ 명칭을 ‘종교적 신앙 등에 따른 병역거부’로 바꾸자 시민단체가 강하게 반발하고 나섰다. 군인권센터·민주사회를위한변호사모임·전쟁없는세상·참여연대는 6일 공동 논평을 통해 국방부가 용어를 변경해 양심에 따른 병역거부가 마치 종교적 문제로 축소된다며 용어 변경을 취소하라고 주장했다. 국방부는 지난 4일 “대체복무제 용어를 둘러싼 불필요한 논란을 최소화하기 위해 앞으로 ‘양심’ ‘신념’ ‘양심적’ 등과 같은 용어는 사용하지 않을 것”이라고 밝혔다. 당시 국방부는 병역의무를 이행하는 사람들이 비양심적인 또는 비신념적인 사람처럼 오해될 수 있다는 국민적 우려를 고려했다고 설명했다.
하지만 시민단체는 “‘종교적 신앙 등에 따른 병역거부자’라는 용어는 양심적 병역거부에 대한 헌법재판소 결정과 대법원 판결 취지에 정면으로 반한다”며 “헌법재판소와 대법원은 병역거부를 헌법상 기본권인 ‘양심의 자유’의 실현으로 명확하게 규정하고 있다”고 강조했다. 이어 “정부가 앞으로 ‘종교적 신앙 등에 따른 병역거부자’라는 용어를 사용하겠다는 것은 헌법재판소와 대법원의 판결을 무시하는 것이자 병역거부를 ‘양심의 자유’라는 권리의 실현이 아닌 ‘종교’에 따른 행위로 축소시켜버리는 것”이라고 비판했다.