합병을 앞둔 시중은행에 내년부터 등록면허세와 관련한 세금폭탄이 떨어질 것으로 전망된다.

27일 금융계에 따르면 안정행정부는 지난 12일 합병 금융회사가 근저당권을 이전할 경우 등록면허세를 내도록 하는 것을 골자로 한 '지방세특례제한법 개정안'을 국회에 제출했다.

개정안을 보면 A은행과 B은행이 합병해 A은행을 존속 법인으로 할 경우, B은행이 설정한 근저당권을 말소하기 위해서는 등록면허세를 내고 이를 A은행 앞으로 이전해야 한다. 등록면허세는 채권최고액의 0.2%이며 등록면허세의 20%는 지방교육세로 추가로 납부해야 한다.

결국 근저당권 말소를 위해서는 채권최고액의 0.24% 만큼의 추가 세금을 내야 한다. 합병에 따른 법인 등기시 존속법인 자본증가액의 0.48%를 세금으로 납부하도록 했다.

근저당권 설정은 주택 담보대출시 반드시 필요해 합병 은행들의 부담이 클 것으로 예상된다.

무엇보다 하나·외환은행 합병을 앞둔 하나금융은 수백억원의 초과 비용이 발생할 것으로 전망된다. 노조와의 협상과 정부 승인절차 등을 감안하면 사실상 내년에나 가능하기 때문에 연말까지 적용되는 등록면허세 면제 혜택을 받을 수 없다.

하나금융이 외환은행을 합병 존속법인으로 결정한 것을 감안하면, 현재 하나은행이 주택담보대출용으로 설정한 근저당권 소멸시 상당히 비용이 들 것으로 예상된다. 지난 10월 말 기준 하나은행의 주택담보대출 규모는 34조4,066억원으로 담보권 소멸을 위해 납부해야 하는 세금은 단순 추정만으로 825억원가량이다.

주택담보 대출시 설정하는 채권최고액이 대출액보다 1.2배가량 되고 기업 대상 담보대출 규모까지 감안하면 1,000억원이 넘는 세금을 납부해야 할 수 있다.

안행부는 이런 사정을 감안, 내년 말까지 한시적으로 등록면허세의 75%를 감면해줄 방침이지만 감면혜택을 받기 위해서는 1년내 근저당권 이전절차를 완료하고 세금을 납부해야 해 은행 부담은 여전하다.

금융계에서는 개정안이 금융산업의 특수성을 간과한 조치라며 반발하고 있다. 금융사는 일반 사업자와 달리 대출 업무를 위해 근저당권 설정이 잦은 편이기 때문에 수익성 악화가 우려된다.

이미 대출 당시 근저당권을 설정하며 등록면허세를 냈는데 합병에 따른 근저당권 이전에도 또다시 세금을 부과하는 것은 이중과세라는 지적도 나온다. 금융계 관계자는 "등록면허세의 영구적인 면제가 어렵다면 일몰시한을 3년 정도 연장해줘야 한다"고 밝혔다.

다만 하나금융 측은 추가 비용부담을 노조가 합병 반대 명분으로 활용할 수 있다는 점에서 조심스러운 입장이다. 하나금융 고위 관계자는 "주택담보 대출 상환기간이 20~30년인 경우가 대부분이어서 매년 부담할 등록면허세가 수십억원 수준"이라며 "국회 통과 과정이 남아 있기 때문에 상황을 지켜봐야 한다"고 밝혔다.

이외에도 같은 지주사에 있는 광주은행과 전북은행, 부산은행과 경남은행도 향후 합병 추진시에 등록면허세와 관련한 추가 비용이 발생할 것으로 예상된다.