정부가 세수확보를 위해 대기업과 부자에 대한 증세를 하는 것으로 방향을 잡았다. 비과세 장기저축성보험이나 분리과세 금융상품을 금융소득종합과세 대상으로 전환하거나 비과세 한도를 정하는 방안이 추진돼 상대적으로 고소득자들의 세부담이 높아진다. 혜택이 주로 대기업에 쏠려온 연구개발(R&D) 및 시설투자 관련 세액공제 기준 등도 강화된다.

아울러 소득공제 조항 중 자녀양육비 추가 공제와 경로우대자 추가 공제가 정책당국의 평가에서 낙제점을 받아 축소ㆍ폐지 대상에 오르게 됐다.

26일 조세연구원은 서울 가락동 사옥에서 '비과세ㆍ감면제도 정비에 대한 제언'공청회를 열어 이 같은 내용 등을 담은 정부 용역보고서를 발표했다. 이번 용역보고서는 기획재정부가 다음달 발표할 2013년도 세제개편안을 마련하기 위해 발주한 것이다.

보고서에서는 "분리과세 대상 금융상품이나 장기저축성보험의 보험차익 비과세 상품은 금융소득종합과세 기준금액 인하(연간 4,000만원→2,000만원)에 따른 조세회피 수단으로 활용될 가능성이 매우 크다"고 밝혔다.

분리과세 금융상품 중에서는 부동산투자펀드ㆍ선박투자펀드ㆍ해외자원개발펀드가 종합과세 전환이나 투자금액 한도 설정 대상으로 지목됐다. 분리과세 때는 배당ㆍ이자소득 규모에 관계없이 15.4%의 단일세율(이자소득세 14%, 주민세 1.4%)이 적용되지만 종합과세를 할 경우 근로ㆍ사업 등과 합산돼 6~38%의 누진세율이 부과된다.

보고서에서는 R&D 세제감면제도 중 준비금 손금산입제도를 폐지할 것을 제언했다. 이어 R&D 인력개발비 인정범위를 연구전담인력 교육훈련비 범주로 축소해야 한다고 강조했다.

또 외국인투자가에 대한 배당소득감면제도에 대해서도 법인세 감면과 세제혜택 중복수혜 문제를 안고 있다며 폐지할 것을 제언했다.

조세연은 비과세ㆍ감면 항목에 대한 정부부처 자체평가 결과 226개 항목 중 44개가 35점을 밑도는 낙제점('미흡' 혹은 '아주 미흡')을 받았다는 내용을 보고서에 담았다. 특히 소득공제 중 자녀양육비 추가 공제(아주 미흡)와 경로우대자 추가 공제(미흡), 출생ㆍ입양 추가 공제(미흡), 교육비 특별공제(미흡) 조항이 낙제점을 받았다. 보고서에서는 또 다른 소득공제인 다자녀공제와 부녀자공제 조항도 세액공제로 전환해야 한다고 권고했다.