코넥스시장과 기존시장과의 가장 큰 차이점은 매매방식이다. 코넥스시장은 장중 단기급등락을 막기 위해 기존시장처럼 호가에 따라 주문이 즉시 체결되는 연속경쟁매매방식 대신 30분주기 경쟁매매방식을 채택했다. 거래소는 시장참가자가 적어 초기 시장형성단계에서 호가집중과 가격급변을 방지할 수 있게 30분 단위로 매수와 매도호가를 받아 평균을 산출해 매매거래를 체결한다. 이는 기존시장에서 장 시작 전 30분, 장마감전 10분간 거래하는 동시호가 방식과 같은 시스템이다. 코넥스시장의 매매단위는 100주이며 장중대량매매 수량은 1억원 이상으로 잡았다. 시간외 종가매매는 1주씩 할 수 있다.

코넥스시장은 기관의 역할이 큰 시장이다. 코넥스시장에 상장한 기업들은 각 증권사들이 상장적격성을 심사해 거래소의 승인을 받아 증권시장에 나온 기업들이다. 기관들은 지정자문인을 맡은 기업들의 공시와 현황을 일일이 보고할 의무를 갖는다. 다만 코스닥시장보다는 공시의무가 크게 완화됐다.

코넥스기업들은 코스닥 상장사에게 의무공시인 회사의 경영ㆍ재산ㆍ투자판단에 영향을 미칠 수 있는 요소와 대규모 단일판매ㆍ공급계약, 신규시설투자 등을 자율공시할 수 있다. 또 유가증권ㆍ코스닥시장 상장사들이 1년에 총 4번 내는 분ㆍ반기ㆍ사업보고서를 1년에 한번만 내면 된다.

코넥스 기업의 사업보고서는 지정자문인이 반기(12월 결산법인인 경우 6월) 종료 이후 45일 안에 '기업현황보고서'로 거래소에 제출해야 한다. 개별기업의 공시부담은 기업이 아니라 기업을 상장시킨 지정자문인에게 안겼다.

코넥스시장의 시초가도 기존 시장보다 넓어져 상장 첫날 360%까지 수익을 올릴 수 있다. 상장 시초가는 공모나 50인 이상 사모증자ㆍ기관투자가 대상 증자를 하면 평가가격의 90~200%, 주당순자산가치를 평가가격으로 정하거나 거래소가 허용하는 경우는 평가가격의 90~400% 수준으로 호가범위가 결정된다. 예를 들어 공모가 대비 시초가가 400% 오르면 300%의 수익이 나고 여기에 상한가(15%)가 더해지면 이론적으로 360%의 수익이 가능해지는 셈이다. 주당순자산가치가 1,000원인 기업의 경우 시초가가 4,000원까지 오를 수 있고 장중 15% 가격제한폭까지 치솟으면 한 주가 4,600원까지 올라, 첫날 수익률만 360%를 기록할 수 있다. 코스피와 코스닥시장의 공모가 대비 최대 수익률은 130%다.

코넥스시장은 개장 첫 날 지수 없이 개별종목 평균주가등락률로 시장의 현황을 파악하게 된다.