내년부터 매출 1,000억원이 넘는 대기업들의 최저한세율이 높아져 세금 부담이 커진다. 다만 기업이 고용을 줄이더라도 고용창출 투자세액 기본공제는 받을 수 있게 된다.

8일 기획재정부가 발표한 세제개편안에 따르면 내년부터 매출 1,000억원 이상 대기업의 최저한세율이 현행 14%에서 15%로 높아진다.

최저한세율은 한 해 기업들이 내야 하는 최소한의 법인세 한도를 말한다. 현행 법인세 최저한세율은 중소기업 7%, 과표 100억원 이하 10%, 과표 100억~1,000억원 11%, 과표 1,000억원 초과 14%로 설정돼 있다. 이번 세제개편의 핵심은 가장 상위 구간인 대기업의 최저한세율을 1%포인트 높인 것이다.

예컨대 과표가 5,000억원인 A기업이 연구개발(R&D) 투자 등으로 공제세액이 500억원 발생했다고 가정해보자. A기업은 법인세율 22%를 적용 받아 비과세ㆍ감면 전 산출세액이 1,100억원이지만 공제세액이 500억원이기 때문에 납부세액은 600억원(산출세액-공제세액)이 된다.

하지만 최저한세율 때문에 A기업은 600억원만 세금으로 낼 수는 없다. 현행 최저한세율 14%를 적용하면 총 669억원을 세금으로 내야 한다. 내년에 최저한세율이 15%로 높아지면 세금은 709억원으로 늘어난다. 최초 계산된 납부세액(600억원)보다는 109억원, 현행보다는 40억원 세금이 늘어나는 것이다. 재정부에 따르면 내년에 최저한세율 상향 조정 대상 기업은 총 21개이며 세수증대 효과는 약 1,000억원으로 추산된다.

기업의 고용창출 실적에 따라 투자금액의 일정 비율을 세액공제해주는 고용창출 투자세액 공제제도(고투)도 손질된다. 고투의 기본공제율은 3%(수도권)~4%(지방)에서 2%(수도권)~3%(지방)로 축소되고 고용증가와 관련된 추가 공제율은 2%에서 3%로 높아졌다.

다만 고용이 1명이라도 감소하면 기본공제를 아예 받지 못했던 것이 내년부터는 감소인원 1명당 1,000만원씩 공제금액이 줄어드는 방식으로 바뀐다. 예컨대 지방에서 100억원을 투자한 기업이 고용을 1명 줄였을 때 올해에는 기본공제를 아예 못했지만 내년부턴 2억9,000만원(기본공제 3억원-1,000만원) 은 공제 받을 수 있게 되는 것이다.

이 때문에 사실상 고투의 고용창출 효과는 후퇴했다는 지적도 나온다. 백운찬 재정부 세제실장은 "고용을 어쩔 수 없이 조금은 줄여야 하는 기업들의 사정도 감안했다"고 설명했다.

해외진출 기업이 국내로 복귀할 경우 소득세ㆍ법인세가 5년간 100% 면제되고 그 후 2년간은 50%가 면제된다. 현재는 복귀 기업이 국내 사업장 개설 후 2년 이내 해외사업장을 양도ㆍ폐쇄해야 혜택을 받을 수 있었지만 내년부터는 양도ㆍ폐쇄 기한이 4년으로 늘어난다. 또 중소기업은 해외사업장을 부분 매각하거나 생산물량만 감축하는 경우에도 세제혜택을 받을 수 있게 된다. 소득세ㆍ법인세가 3년간 100% 면제되고 그 이후 2년간은 50%가 감면된다.

고용효과가 높은 서비스업에 대한 세제지원도 확대된다. 중소기업 지원세제 대상업종에 사회복지 서비스업이 추가된다. 중소ㆍ벤처기업을 지원하기 위해 개인이 벤처기업에 투자하는 엔젤투자의 소득공제율은 20%에서 30%로 인상하기로 했다. 창업중소기업에 대한 세액감면(50%) 기간도 4년에서 5년으로 늘어난다.