회사원 K씨는 서울시 소재 A아파트를 2002년 신규 분양 받았고, 1년 후 용인시에 B아파트를 매수해 현재까지 거주 중이다. K씨는 A아파트가 양도세 감면대상 신축주택이기 때문에 B아파트를 나중에 팔더라도 1가구1주택 비과세 혜택을 적용 받는 것으로 알고 있었다. 그러나 2008년부터 B아파트 매각시 2주택자로 간주돼 양도세를 과세한다는 세법개정안을 보고 마음이 급해졌다. 정부는 외환위기 이후 주택경기 활성화를 위해 한시적으로 일부 아파트에 양도세 면제 혜택을 줬다. 감면대상 주택은 ▦특정기간(1998.5.22~1999.12.31 또는 2000.11.1~2003.6.30) 내에 분양계약을 체결하고 계약금을 납부한 신축주택으로서 ▦고급주택이 아니어야 한다. 이때 중도에 분양권을 구입한 사람이 아닌 최초 분양자만 혜택을 볼 수 있다. 또한 자기가 직접 짓거나 재건축ㆍ재개발 조합주택인 경우에는 위 기간 내에 사용검사 또는 사용승인을 받았어야 한다. 감면대상 신축주택은 세제 혜택이 다양하다. 취득 후 5년 이내에 팔 경우 세금이 전액 면제되고, 5년이 지나서 팔아도 5년이 지난 시점부터 발생한 차익에 대해서만 양도세를 내면 된다.(단, 감면 받은 세금의 20%는 농어촌특별세로 내야 한다.) 일반주택과 감면주택을 가진 1가구2주택자가 일반주택을 먼저 팔 경우에 감면주택은 소유 주택 수에 포함되지 않는다. 따라서 일반주택이 양도세 비과세 요건을 충족한다면 6억원까지는 비과세를 적용 받을 수 있다는 얘기다. 그런데 2008년부터는 신축주택에 대한 세제 혜택이 달라진다. 감면주택과 일반주택을 1채씩 보유한 사람이 2008년 이후에 일반주택을 먼저 팔면 종전과 달리 양도세를 내야 한다. 이 경우 50%의 중과세율은 적용시키지 않고 일반세율(9~36%)을 적용한다. 따라서 K씨의 경우, 2007년까지는 두 주택 중 어떤 주택을 먼저 팔더라도 세금이 같지만 2008년부터는 반드시 감면주택부터 먼저 팔아야 세금을 줄일 수 있다.