지난해 과세당국의 징세에 불복해 납세자가 낸 소송이 2조원을 훌쩍 넘어선 것으로 나타났다. 국세청과 관세청이 세무조사 결과 부과한 세금에 대해 기업이 반발해 낸 소송으로 패소할 경우 세입은 줄어든다. 소송 가운데 당국이 최종 패소를 예상해 우발부채로 잡은 금액만도 6,600억원에 달한다.

18일 국회 기획재정위원회와 각 부처의 2012년 결산심사보고서에 따르면 국세청은 지난 2012년 기준으로 납세자에게 293건, 금액기준으로 1조4,611억원의 소송을 당했다.

이 중 1ㆍ2심에서 국세청이 연속으로 패한 경우는 62건으로 금액으로는 6,256억7,800만원이다. 이에 따라 국세청은 3심에서도 패소할 가능성이 높다고 보고 해당 금액을 충당부채로 설정했다.

관세청 역시 납세자 불복으로 47건, 금액기준으로 6,168억원의 소송을 제기했다. 이 중 8건에 해당하는 308억4,600만원에 대해서는 1ㆍ2심에서 패소함에 따라 3심 패소 가능성이 높아 충당부채로 잡았다. 부처 결산에서 충당부채는 우발적 손실로 보고 결산에 반영한다.

각 부처는 소송금액 등 중요하다고 여기는 경우만 결산보고서에 기재한다. 이에 따라 실제 과세당국과 납세자 간의 전체 소송규모는 2조원보다 클 것이라는 게 세무업계의 중론이다. 실제로 두 부처가 결산보고서에 담은 소송규모는 최소 수십억원에서 수천억원에 이르는 거액이며 주로 기업이 당국에 제기했다.

국세청의 경우 과세정보 보호를 위해 전체 소송규모만 밝혔을 뿐 개별 납세자와 소송내역은 공개하지 않았다. 다만 이만우 새누리당 의원실에 제출한 국세청의 공공기관 세무조사 내역을 보면 거액의 추징에 대한 공공기관의 불복 소송이 수년째 이어지고 있다.

인천공항공사의 경우 2008년 1,068억원을 추징했지만 이 중 372억원에 대해 소송을 제기했다. 나머지도 과세전적부심(563억원 부과취소)과 조세심판청구(101억원 환급)를 통해 낸 세금을 취소하거나 돌려받았다.

과세당국에 대해 납세자가 불복 소송을 벌이는 것은 납세자의 권리지만 문제는 남는다. 최종 패소는 과세당국이 무리한 세무조사를 했다는 방증이기 때문이다.

실제 최근 법인에 대한 세무조사가 늘어나는 것과 비례해 과세당국의 패소율도 증가하고 있다.

국세청이 제출한 국정감사 자료를 보면 지난해 매출 500억원 이상 대형 법인에 대한 세무조사 건당 추징액은 38억2,000만원으로 전년 대비 31% 증가했고 올해 상반기에는 건당 추징액이 47억7,000만원으로 늘었다.

반면 조세심판원의 심판청구 결과 인용률(국세청 패소율)은 지난해 26.4%로 전년보다 2.4%포인트 상승했고 올 상반기에는 41.7%까지 급상승했다.

또 국세 관련 행정소송에서 국세청의 패소율은 건수 기준으로 2011년 9.8%에서 2012년 11.7%, 올 상반기 12.9%로 상승했다. 금액 기준으로도 패소율은 2011년 22.4%, 2012년 46%, 올 상반기 34.6%로 높은 수준이었다.

국회 기획재정위 관계자는 "과세 불복소송 자체보다 최근 들어 소송과 패소율이 늘어난다는 게 더 문제"라면서 "과학적인 세무조사 접근이 필요한 시점"이라고 강조했다.