최근 세계적으로 양식산업은 연안자원의 부족문제를 해소하기 위해 주요 신성장산업으로 부각되고 떠오르고 있다. 하지만 국내 해산어패류 양식업계는 수입 수산물 공세와 잦은 질병 검출에 따른 소비 위축 및 가격 하락으로 이중 삼중의 고통을 겪고 있다. 이에 따라 환경 및 기후 변화에 대처하고 다양한 수산물 질병문제를 극복하기 위해 수산생물 자원 확보와 부가 신품종 기술 개발의 필요성이 더욱 높아지고 있다. 제주대 해양분자유전학연구실에서는 해양어류 및 무척추 동물의 유전자 표지 검색, cDNA 라이브러지 제작 및 유전적발현메시지(EST) 분석, 마이크로어레이(microarray)를 이용한 유전자 탐색 등의 연구를 진행하고 있다. 이 같은 연구를 통해 해양어류 및 무척추동물의 개체 선발을 통해 우수한 양식종을 육종하기 위한 방법을 만드는 것을 목표로 삼고 있다. 중점 연구과제로는 교과부 BK21의 핵심과학기술 응용사업 중 '친환경 해양바이오 전문인력양성'의 과제를 수행하고 있다. 이는 글로벌 시대에 걸맞는 탁월한 연구능력과 실무 능력을 고루 갖춘 전문인력을 양성하기 위한 것이다. 이와 함께 올해부터는 한국해양연구원 해양극한생물분자유전체 연구단의 지원을 받아 향후 4년 동안 해양무척추동물의 유전체를 연구하는 '국토해양부 해양생명공학과제'에 대한 연구도 수행 중이다. 해당 연구는 까막전복의 cDNA 클론을 이용해 cDNA 칩을 제조하고 다양한 외부 스트레스에 반응하는 유전자와 다양한 병원체에 반응하는 면역 유전자를 탐색하고 유전체 발현정보를 분석하는 사업이다.