양도세 이어 종부세까지…1주택 장기보유 공제 전면 재편되나[Pick코노미]

‘40억 집’ 양도세 3.9억원으로 4배 뛰어 양도세 단독 개편 시 매물동결 부작용도 종부세 장기보유 세액공제 재편 가능성 실거주 없는 1주택 혜택 감소 방향 거론 서울 송파구 롯데월드타워에서 바라본 아파트의 모습. 연합뉴스 이재명 대통령이 1주택자 장기보유특별공제 전면 재편 의사를 밝히면서 서울 고가 주택 보유자의 양도소득세 부담이 대폭 커질 것이라는 관측이 나온다. 한편으로는 장특공제만 손볼 경우 시장 매물이 줄어들 수 있다는 우려도 있어, 보유세인 종합부동산세의 장기보유 세액공제도 동시에 손질될 수 있다는 분석이 제기된다. 이 대통령의 발언은 윤종오 진보당 의원이 발의한 소득세법 개정안을 둘러싼 논쟁에서 나왔다. 윤 의원안은 장특공제를 없애는 대신 생애 2억 원 한도의 양도세 세액공제를 도입하는 내용을 골자로 한다. 이를 두고 “장기 실거주자에게 세금 폭탄을 떠안기는 것”이라는 비판 여론이 형성되자 이 대통령이 직접 “단순히 오래 보유했다는 사실만으로 세금을 깎아주는 건 적절하지 않다”며 “장특공제를 단계적으로 축소하면 매물 동결 같은 부작용도 최소화할 수 있다”고 반박했다. 다만 어떤 방식으로든 장특공제가 폐지되면 양도세 부담이 늘어나는 것은 불가피하다. 우병탁 신한은행 프리미어 패스파인더 전문위원의 시뮬레이션에 따르면, 취득가액 20억 원짜리 아파트를 10년간 보유·거주한 뒤 40억 원에 매도할 경우 현행 제도에서의 양도세는 9406만 원이다. 그러나 장특공제가 사라진다고 가정하면 납부액은 3억 9922만 원으로 뛰어 현행보다 3억 원 이상, 약 4.2배 불어난다. 현행 제도에서 1세대 1주택자는 양도가액이 12억 원 이하면 양도세를 내지 않는다. 12억 원을 웃도는 경우에는 10년 이상 보유·거주 시 초과 차익의 최대 80%(보유 40%·거주 40%)까지 장특공제가 적용된다. 윤 의원안은 이 공제를 폐지하되 1인당 평생 2억 원 한도의 세액공제로 대체하는 구조다. 장특공제가 고가 주택 집중 현상, 이른바 ‘똘똘한 한 채’ 선호를 자극해 집값 상승을 부추긴다는 판단에서다. 다만 중저가 주택에서는 오히려 세 부담이 줄어드는 사례도 생긴다. 취득가액 7억 원인 아파트를 10년간 보유·거주하다 15억 원에 팔 때 현행 제도에서는 348만 원의 양도세가 발생하지만, 개정안 아래서는 세액공제 한도(2억 원) 안에서 처리돼 납부액이 0원이 된다. 물론 이는 의원 발의안일 뿐 정부의 공식 방침과는 다르다. 정부는 실거주하지 않은 투기성 보유자에게 더 무거운 세 부담을 지우는 방향으로 제도를 설계할 것으로 보인다. 재정경제부 관계자는 “거주 없이 보유만 하는 이른바 투기성 주택에도 공제 혜택이 주어지는 것은 과도하다는 시각으로 검토하고 있다”고 전했다. 시장에서는 이 같은 문제 인식이 종부세 장기보유·고령자 세액공제에도 적용될 수 있다고 본다. 이 대통령이 강조한 “거주 여부와 무관하게 오래 보유하기만 해도 세 부담이 줄어드는 구조”라는 문제의식은 종부세 공제 체계에도 그대로 해당되기 때문이다. 종부세 장기보유·고령자 세액공제는 공시가격 12억 원 초과로 종부세 과세 대상이 된 1세대 1주택자에게 보유 기간과 나이에 따라 산출세액의 일부를 덜어주는 제도다. 장기보유 공제는 5년 이상 보유 요건만 충족하면 △5년 이상~10년 미만 20% △10년 이상~15년 미만 40% △15년 이상 50%가 적용된다. 고령자 공제는 만 60세 이상을 대상으로 △60세 이상~65세 미만 20% △65세 이상~70세 미만 30% △70세 이상 40%의 공제율을 적용한다. 두 공제는 중복 적용이 가능하고 합산 한도는 최대 80%로, 초고가 주택을 오랫동안 보유한 고령 1주택자의 종부세 부담을 크게 낮추는 효과를 낸다. 핵심 차이는 양도세 장특공제가 보유 기간(3년 이상)과 함께 실거주 요건(보유 기간 중 2년 이상)을 모두 요구하는 반면, 종부세 장기보유·고령자 세액공제에는 실거주 조건이 없다는 점이다. 실제로 살지 않는 1주택자라도 최소 보유 기간(5년)만 넘기면 보유 공제와 연령 공제가 모두 쌓이는 구조다. 다만 정부는 종부세 세액공제 축소에 대해 아직 공식 입장을 내놓지 않고 있다. 세제 당국 내부에서도 매도 시 1회 부과되는 양도세와 매년 재산에 매겨지는 종부세는 과세 성격이 달라 구분해서 다뤄야 한다는 신중론이 우세한 것으로 전해진다. 정부는 현재 종부세·재산세·거래세를 포함한 부동산 세제 전반을 관계부처 합동으로 연구 중이며, 구체적인 개편 시나리오는 하반기에나 윤곽이 드러날 전망이다. 시장에서는 이 대통령이 그간 부동산 불로소득에 강한 비판적 시각을 보여온 만큼 종부세 세액공제도 실수요자 보호 범위 안에서 대폭 손질될 가능성이 크다고 본다. 실제 거주 중인 고령 1주택자에게는 기존 공제율을 유지하되, 비거주 1주택자에 대해서는 혜택을 줄이거나 적용 요건을 강화하는 방안이 유력한 시나리오로 거론된다. 재경부 관계자는 “종부세의 장기보유·고령자 세액공제는 양도세 장특공제와 도입 취지와 과세 구조가 달라 별도 검토가 필요한 사안”이라고 밝혔다.