연구원은 이번 토론회에서 세정의 투명성 제고를 위해 세무조사 선정과 기준 역시 개선이 필요하다고 언급했다. 우선 세무조사 자료 공개와 법제화 등을 통해 신뢰성을 확보하는 것이 필요하다고 주장했다. 이를 위해 세무조사 결과를 최대한 공개하고 조사 대상 선정절차를 법제화(국세기본법에 규정)할 필요가 있다는 의견이다. 이를 통해 세무조사에 대한 국민의 신뢰를 높여나가야 한다는 주장이다. 세무조사 기법의 선진화도 제시됐다. 임기응변식 조사가 아닌 납세 성실도 제고를 위해 체계적이고 과학적인 조사 방법이 요구되는 것이다. 즉 탈세규모, 고의성 정도 등에 따라 조사방식ㆍ기간ㆍ강도를 다양화하는 방안을 검토해야 할 것으로 분석했다. 조사 공무원에 따라 각기 다른 세무조사 결과도 문제점으로 지적됐다. 연구원은 이에 대한 해결 방안으로 조사 사례ㆍ기법을 데이터베이스화해 조사 공무원의 경험과 역량에 따라 조사 결과가 달라지지 않도록 시스템을 구축할 필요가 있다는 의견을 제시했다. 동시에 ‘선택과 집중의 원칙’에 의거, 불성실 업종ㆍ유형부터 세무조사를 지속적으로 실시하는 방안도 제시했다. 이밖에 절세명분으로 세금 탈루를 부추기는 세무사ㆍ회계사 등 세무 대리인에 대한 처벌을 강화하고 중장기적으로는 벌금도 높일 필요성이 있다는 것이다. 특히 세무 공무원에게 압력을 행사하거나 청탁하는 행위를 금지하고 이를 처벌할 수 있도록 조세법 처벌법에 새 조항을 신설하는 것도 중장기 검토 항목으로 내놓았다.