개별 교회의 부동산이 등기상 재단의 소유로 돼 있더라도, 세금은 실질과세원칙에 따라 개별교회에 부과해야 된다는 법원의 첫 판결이 나왔다. 서울행정법원 14부(부장 성지용)는 28일 대한감리회유지재단이 ‘재단에 대한 종합부동산세는 실질과세원칙에 어긋난다’며 남대문세무서를 상대로 낸 종합부동산세경정처분 소송에서 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 “부동산을 교회 재단 명의로 등기한 것은 소속감을 강화한 상징적 의미로써 일종의 명의신탁에 해당한다”며 “부동산의 등재여부를 불문하고 실질적인 소유권을 가진 자에게 세를 부과해야 한다”고 판결했다. 감리교는 교리에 가입교회가 소유ㆍ관리하는 부동산은 재판에 편입ㆍ보전돼야 한다고 규정하고 있다. 이에 따라 감리교 재단은 개별 교회의 편입부동산 전체에 대한 누진세율을 적용 받아 세금을 부과 받아 왔고, 개별 교회들은 재단 앞으로 부과된 세금을 해당 교회의 부동산 만큼 나눠 납부해 왔다. 이 때문에 이번 판결이 상급심에서 확정되면 감리교 재단은 누진세율 적용을 받지 않아도 되는 등 세제혜택을 누릴 수 있게 된다. 대한감리회유지재단은 지난 2006년 종합부동산세가 실질과세원칙에 어긋난다며 경정청구를 했지만 기각되자, 2008년 12월 서울행정법원에 처분취소 소송을 제기했다.