정부는 무장공비 침투사건에 대한 북한의 사과수준과 관련, 사실상 북·미간 군사접촉채널인 군사정전위 비서장급회의를 통한 유감표명만으로는 불충분하다는 입장을 정하고 이를 미국측에 통보한 것으로 알려졌다.정부의 한 당국자는 19일 『북한은 최근 북·미 뉴욕 접촉채널을 통해 잠수함 침투사건에 대해 유감의 뜻을 표명할 수 있다는 입장을 비공식적으로 내비쳤다』면서 『그러나 북한의 의향은 침투사실을 시인하는 것이 아닌 애매한 내용이며 누구를 상대로 한 것인지도 분명치 않은 상태』라고 밝혔다.
정부의 또다른 관계자는 『북한의 잠수함 침투사건은 명백한 정전협정 위반과 주권침해라는 양면적 성격을 지닌 사건』이라면서 『북한의 사과도 이에 상응하는 조치가 돼야 할 것』이라고 말했다.