여야 예산안 대치의 핵심 쟁점이었던 4대강 예산은 결국 정부가 내놓은 5조2,852억원 중 4,250억원(8.0%)이 삭감된 4조8,602억원으로 확정됐다. '살(총액)은 깎아도 골격(본질)은 유지한다'는 한나라당의 기존 입장이 거의 그대로 반영된 결과다. 4대강 예산 관련 민주당이 축소하자고 주장했던 보의 개수와 높이, 준설량 등은 손질 없이 그대로 반영됐다. 이 때문에 민주당은 '골격은커녕 살도 깎지 않은 채 화장만 고친 꼴'이라며 비난의 목소리를 높이고 있다. 각 부처별 4대강 예산의 세부항목을 살펴보면 우선 국토해양부의 경우 당초 4대강 관련 예산 3조5,000억원 가운데 2,800억원(8.0%) 줄어든 3조2,200억원으로 조정됐다. 한나라당은 이중 1,400억원은 지방ㆍ소하천 수해예방에 사용하기로 했다. 지방하천 정비에 900억원, 소하천 정비에 500억원이 각각 쓰인다. 여야 예산안 협상에서 막판까지 팽팽한 대립을 보였던 수자원공사 국채발행에 따른 이자보전 비용은 애초 800억원에서 100억원(12.5%) 깎인 700억원으로 조정됐다. 또 환경부의 4대강 관련 예산은 1조2,986억원에서 650억원(5.0%) 줄어든 1조2,336억원으로 정해졌다. 한나라당은 이중 350억원을 수질ㆍ환경개선사업에 활용하기로 했다. 나머지 300억원은 순삭감하기로 했다. 농림수산식품부의 경우 저수지 둑높임사업 예산은 4,066억원에서 700억원 줄어든 3,366억원으로 조정됐다. 한나라당은 삭감액 전체를 4대강 지역이 아닌 저수지의 둑높임사업에 투자하도록 했다. 하지만 4대강 예산 가운데 삭감된 4,250억원 중 1,400억원은 4대강이 아닌 소하천이나 지방하천에 재투자되므로 실질적으로 4대강 사업 예산 중 순삭감된 금액은 2,800억여원 수준에 그친다는 지적이 적지 않다.