변양균 기획예산처 장관이 황우석 교수의 논문조작 사건과 관련, 정운찬 서울대 총장을 직접 비난하고 나섰다. 변 장관은 11일 기자간담회에서 정 총장이 이날 발표한 대국민사과에 대해 “국민에 대한 사과라고 하기에는 미흡한 점이 있는 것 같다”고 밝혔다. 변 장관은 “황 교수가 논문을 조작하고 국민들에게 큰 슬픔을 준 것은 1차적으로 서울대 책임이 아니냐”면서 “학교에서 큰 비중을 갖고 있는 정식 교수가 잘못을 저질렀는데 총장이 국민들에게 ‘다같이 반성하자’며 훈육하는 식으로 사과하는 것은 적절하지 않다는 생각을 했다”고 말했다. 그는 또 “황 교수 연구와 관련해서는 서울대학교 총장과 과학재단이 계약을 하는 것이고 서울대학교가 관리비 명목으로 15%를 떼가며 윤리위 등을 개최해서 연구과정 등을 점검하는 것도 대학에 우선적으로 책임이 있다”면서 “이런 상황에서 총장이 남의 일처럼 사과하는 것은 논리상 맞지 않는다고 생각한다”고 밝혔다. 변 장관은 이어 “허준영 경찰청장이 시위농민 사망과 관련해 사표를 낸 것도 직접적인 잘못이 있어서라기보다는 책임질 만한 자리에 있었기 때문이라고 본다” 고 말했다.