일감 몰아주기 과세와 관련해 지배주주의 판정 기준이 명확해진다. 중소기업이 일으킨 투자에 대해 세금을 깎아주는 세액공제 항목에 소프트웨어 투자가 추가된다. 기획재정부는 이 같은 내용을 담은 '2013년 세법·시행령 개정 후속 시행규칙 개정안'을 24일 발표했다.

정부는 먼저 일감 몰아주기 과세에서 수혜를 입는 기업의 지배주주를 판정하는 3단계 기준을 도입했다. 세법상 일감 몰아주기 과세는 지배주주 1인에게만 무거운 증여세를 물리도록 설계돼 있어 향후 '누가 지배주주인가'를 둘러싸고 논란이 일어날 수 있다는 판단에서다. 현행 시행규칙은 "2명 이상이 지배주주 요건에 해당할 경우 영향력이 더 큰 자를 지배주주로 판정한다"고 규정해 애매한 측면이 있었다. 예를 들어 친구 사이인 A와 B가 각각 지분 30%씩을 보유한 법인이 있다고 할 때 지배주주를 특정하기 어려운 것이다.

개정 시행규칙은 우선 1단계로 지배주주와 그 친족의 주식보유 비율 합계가 가장 높은 자를 따져 지배주주로 판정하도록 했다. 앞선 사례에서 A와 B의 지분이 같더라도 친족의 지분이 더 많은 쪽이 지배력을 보다 행사한다고 보는 것이다. 이때 만약 친족의 주식보유 비율까지 같다면 2단계로 넘어가 지배주주와 특수관계에 있는 법인에 대한 수혜법인의 매출이 더 큰 쪽을 지배주주로 인정하기로 했다. 만일 여기서도 판가름이 나지 않으면 3단계로 가장 최근에 수혜법인의 대표이사였던 자가 지배주주가 된다.

정부는 또한 조세특례제한법상 각종 투자세액공제 대상을 조정할 방침이다. 투자세액공제는 특정 요건을 갖춘 기업이 투자에 나설 때 여기에 들어간 비용의 일부를 세금에서 깎아주는 것이다.

중소기업의 경우 그동안 기계류 등 유형자산과 운수업용 차량, 어업용 선박 등에 대해서만 투자세액공제 대상으로 인정받았는데 앞으로는 소프트웨어 역시 투자 대상에 포함된다. 다만 회계나 문서작성 등 일반사무용 소프트웨어에 대한 투자는 인정받지 못한다. 환경보전시설 투자세액공제에서는 그동안 인정됐던 중유재가공시설이 제외돼 수혜목록에서 빠진다.

국세환급가산금을 계산할 때 적용되던 금리는 기존 연 3.4%에서 2.9%로 인하된다. 국세환급가산금은 정부가 잘못 걷은 세금을 세납자에게 돌려주면서 붙이는 세금이다. 세납자 입장에서는 총 환급금이 줄어드는 셈이다. 기재부는 최근 정기예금 이자율 인하를 감안한 조치라고 설명했다.