현대차그룹 회장의 지위에서 김동진 부회장 등 임직원과 함께 현대차ㆍ현대모비스ㆍ기아차ㆍ글로비스 등 계열 회사 경비를 가공계상하는 방법으로 지난 2000년 4월부터 2006년 3월까지 6년간 1,034억원의 부외자금을 조성한 다음 그중 696억원을 불법 정치자금, 임원에 대한 경영 성과급 등의 용도로 사용하여 이를 횡령했다. 또 현대우주항공의 존속 여부가 불투명한 상황에서 청산시 잔존 채무가 없는 상태가 되도록 재무상태를 맞추기 위해 현대정공 등 계열사를 이 회사의 증자에 참여시켜 출자액 상당의 손실을 계열사에 끼쳤다. 나아가 현대강관의 유동성 위기를 타개하기 위해 현대차로 하여금 외부 투자자들에 대해 투자수익 보장을 약정하게 하는 등 무리한 수단을 동원해 해외펀드를 구성한 다음 현대강관의 증자에 참여시킴으로써 현대차에 3,900만달러 상당의 출자액 손실 위험을 감수하게 했다. 마지막으로 본텍 유상증자 과정에서 정 회장과 아들 정의선으로 하여금 본텍을 인위적으로 저평가하는 방식으로 본텍의 주식 지분 대부분을 실질적으로 취득하게 함으로써 기존 주주이던 기아차 등에 재산상 손해를 입히는 동시에 현대모비스 등이 본텍 화의채권 등을 거래하는 과정에서 지유라는 회사에 부당한 매매차익을 취득하게 하고 계열사에 그에 상응하는 재산상 손해를 입혔다.