의약분업 실시와 당위성을 주장하는 정부 학자 단체에 따르면 의약분업 시행으로 정부가 의약품 유통과 관리시스템을 정비, 약값을 투명하게 관리하고 병·의원 및 환자에게 투약한 약값은 실제 구입한 약값으로 지불받게 된다.이러면 약물로 인한 경제적 이윤이 의사·약사로부터 제거, 불필요한 약의 과다투여 등으로 부당한 이익을 남기는 것을 방지할 수가 있다. 따라서 그만큼 국민의 건강은 약의 오·남용으로부터 지켜지고 경제적 부담 또한 현재 보다 줄어든다는 것이다. 병원비도 마찬가지. 현재는 병원비중 약제비가 포함돼 있으나 이 제도가 시행되면 약제비가 제외되고 대신 그 액수만큼 약국에서 조제할 때 내면된다. 이와 관련 복지부는 이달중에 보험약가를 30.7% 인하하고 대신 의보수가를 9% 내외 인상키로 했다. 인하된 의보약가와 인상된 의보수가의 상쇄효과로 국민들은 종전고 같은 의료비를 지불하면 되고 병원도 약가치익으로 감소되는 수입을 보전케 된다는 것이 복지부의 설명이다. 의약분업이 실시되면 물론 약국 의료보험은 폐지된다. 그러나 처방전에 따른 조제는 의료보험 혜택을 받을 수 있다. 약국은 약제비에 대해 의료보험 청구를 하면 되는데 이를 간소화하기 위해 정부는 현재 EDI 청구확대를 준비중이다. 국민들이 지출할 의료비와 관련 현재 병·의원에 가면 내는 진찰료와 약값를 병·의원에는 진찰료만, 약국에는 약값만 나눠 내면된다. 또 일반의약품은 현재와 같이 의보혜택을 받을 수 없다. 그러나 약국이 없는 지역과 의료기관이 없는 지역은 의약분업 예외지역으로 관리된다. 지금과 같이 약국 혹은 의원을 이용하면 된다.