설립 이후 2년이 된 대덕특구의 연구성과 사업화 실적이 낙제점 수준인 것으로 드러났다. 22일 대전 한국생명공학연구원에서 열린 국회 과학기술정보통신위원회 국정감사에서 변재일 대통합민주신당 의원은 대덕특구가 설립 후 2년이 지났지만 대덕특구의 연구성과 사업화 실적이 28.9%로 나타났으며 이는 특구법 제정 이전 사업화율과 비교했을 때 1% 정도 상승한 것에 불과하다고 지적했다. 특히 특구 내 출연 연구기관 중 사업화 실적이 가장 우수한 ETRI를 제외할 경우 그 비율이 19.7%에서 12%로 오히려 7.7%포인트가 낮아졌다고 주장했다. 또 연구소기업 설립의 경우 5건에 불과하고 첨단기술기업 지정 역시 22건에 불과해 오는 2010년까지 1,500여개의 첨단기술기업을 설립한다는 목표 달성이 불가능할 것으로 보인다고 지적했다. 220억원을 투자한 대덕특구투자조합의 경우 신규고용 창출은 41명에 불과했으며 이는 과학기술부를 중심으로 범부처 차원에서 2년간 2,654억원을 정상적으로 투자한 것과 비교해 실적은 낙제점이라는 지적이다. 또 특구 설립 이후 신규 설립된 외국인투자기업이 전무하며 이로 인해 당초 예정됐던 대덕테크노밸리 내 5만여평에 외국인전용공단을 설립하기로 했던 계획조차 백지화된 실정이다. 강성종 대통합민주신당 의원은 이러한 대덕연구개발특구지원본부의 지휘ㆍ운영능력에 문제가 있다고 지적했다. 강 의원은 특구본부가 운영 중인 게스트하우스의 경우 올 2월 오픈 이후 올해 약 1억 5,000만원의 적자가 예상된다고 지적하고 특구본부 부설 복지센터는 노조와 운영진 간 갈등이 촉발되는 등 대덕특구지원본부의 운영능력에 문제가 있다고 지적했다.