개발부담금을 산정하는 기준이 불분명해 개발사업을 다수 시행하고 있는 한국토지공사와 각 지방자치단체의 분쟁이 빈발하고 있다.한국토지공사가 2일 국회 건설교통위원회에 제출한 국정감사 자료에 따르면 개발부담금 부과를 둘러싸고 지방자치단체와 빚고 있는 분쟁은 모두 12건으로 이 가운데 3개 지구는 행정심판이 계류중이며 2개 지구는 행정소송 제기 준비중, 7개 지구는 행정소송 계류중이다. 사례별로 보면 행정소송 계류중인 경기도 성남시 분당 2-7단계 지구의 경우 개발부담금 부과기준이 되는 개발이익을 산출할 때 지자체는 종합토지세, 농어촌 특별세, 용지부대비, 일반 관리비 등을 개발비용에서 제외했으나 토공은 이들 투입비용을 개발비용으로 간주해 이들을 제외한 순수한 개발이익에 대해서 부담금을 부과해야 한다고 주장하고 있다. 경기도 수원 영통지구에서는 지자체가 부담금 부과종료 시점을 `대금 완납일 또는 건축착공 신고일 중에서 빠른날'로 적용했으나 공사측은 `사실상 개발완료일'로봐야 한다며 행정심판을 제기해 계류중이다. 이밖에 다른 지역에서도 개발이익 산정을 위한 비용의 범위, 부과기간 산정 기준 등에 대해 지자체와 토공의 의견이 맞서고 있다. 토공은 "개발이익환수에 관한 법률을 개정해 부담금 산정기준을 명확히 함으로써 분쟁의 소지를 없애줄 것을 정부에 건의중"이라고 밝혔다.