서울시내 사립 고등학교 회계운영의 투명도가 공립학교의 3분의 1 수준도 채 되지 않은 것으로 나타났다. 서울시교육청은 29일 최근 4년(2003∼2006년)의 종합감사를 벌인 결과 조사대상인 사립 고교 105곳의 예산회계 분야 지적 건수가 276건으로 학사관리와 인사관리 등 다른 분야에 비해 압도적으로 많았다고 밝혔다. 같은 기간 종합감사를 받은 공립고교 34곳의 예산회계 관련 지적은 27건으로 학교당 평균 0.8건이었다. 사립 고교는 1곳당 2.6건으로 공립학교보다 무려 3배가 높았다. 이 같이 매년 감사에서 사립학교에 대한 지적사항이 공립학교에 비해 훨씬 많은 것은 사립학교 운영에 재단의 입김이 반영된 데 따른 것으로 분석된다. 서울시 교육청 관계자는 "공립은 지적을 받으면 인사와 연결되기 때문에 매우 민감하게 반응하지만 사립은 재단이 인사권을 쥐고 있고 지적사항 중에는 재단과 관련된 일도 있기 때문에 공립에 비해서는 지적에 둔감한 편이다"라고 말했다.