한나라당 비상대책위원장인 김무성 원내대표는 29일 세종시 수정안 본회의 표결과 관련, “어떤 결말이 나든, 혹시 부결이 된다고 해도 (논란이) 종결될 문제는 아니다. 행정부 분할과 행정 비효율성, 자족기능 부족 등 또 다른 문제의 시작일 수 있는 만큼 정치권이 지혜를 모아야 한다”고 지적했다. 김 원내대표는 이날 원내대책회의에서 이 같이 밝히고“당과 계파, 지역과 이념을 떠나 10년, 20년 뒤에 후회하지 않을 결정해 달라. 한 분 한 분 독립된 헌법기관으로서 역사에 남을 소신 있는 선택을 해 달라”고 당부했다. 그는“국민의 요구에 따라 세종시 문제를 결론 내고, 이 문제로 더 이상 편 가르기를 하면 안 된다”면서“옳고 그름을 떠나 10개월여에 걸친 논란으로 인해 지역과 정파 간에 국론이 분열된 것이 사실이고, 국민이 선거를 통해 결론을 내라고 말한 것”이라고 강조했다. 그는 또 이명박 대통령이 2007년 대선 당시 세종시에 교육과학비즈니스 벨트 유치를 공약했다는 당내 지적에 대해 일부 반론을 폈다. 그는”자꾸 사실 잘못 알려진다”면서“과학 비즈니스 벨트 관련한 대통령 공약이 있다고 해 확인해 보니 (유세 당시) 기자의 질문에 대통령이 충남이 유리하지 않겠는가 이 정도로 말씀하셨다”고 전했다.