2004년 논문까지도 조작됐다는 서울대 조사위원회의 발표에 대해 황우석 교수측은 “인정할 수 없는 부분도 많다”며 “조만간 입장을 정리해 발표하겠다”고 밝혔다. 황 교수측의 변호를 맡고 있는 이건행 변호사는 10일 “황 교수가 할 말이 매우 많은 상황”이라며 “언론에 직접 나와 의사를 밝힐지, 황 교수 명의의 보도자료를 작성해 배포할지 등 공식적인 입장 발표에 대한 방법과 시기를 논의하고 있다”고 말했다. 이 변호사는 다만 “앞으로 검찰에 나가 모든 것에 대해 이야기할 예정이기 때문에 공개적으로 입장을 밝히는 것이 옳은지 고민 중”이라고 덧붙였다. 황 교수는 현재 서울 모처에 머물고 있고 이 변호사와 지속적으로 연락을 취하며 향후 대책을 논의하고 있는 것으로 알려졌다. 이 변호사는 “2004년 논문을 준비할 당시 미 MIT대의 한 교수가 처녀생식으로 인한 세포일 가능성이 있다고 문제를 제기해 처녀생식에 의한 것이 아니라는 것을 증명, 논문에 실었다”고 말했다. 그는 또 “당시 업무를 담당했던 총책임자가 MBC에 논문이 조작됐다고 제보한 A연구원이었다”고 주장했다. A연구원은 2004년 논문 제출 당시 줄기세포 연구팀장을 맡았던 석사과정 대학원생으로 논문의 제2저자다.