대통령직인수위원회는 416개에 이르는 위원회 중 215개를 폐지하는 대대적인 정비안을 내놓았다. 전체의 51%를 감축한 것이다. 특히 현행 12개의 대통령 국정과제위원회 중 10개를 폐지하고 2개는 해당 부처로 각각 이관해 ‘위원회 공화국’으로 불렸던 참여정부와의 차별성을 부각시켰다. 헌법에 따라 설치된 국가안전보장회의ㆍ민주평통자문회의ㆍ국민경제자문회의ㆍ국가과학기술자문회의 등 4개는 모두 유지, 심의기능을 존치시켰다. 하지만 산하의 상설 사무처는 폐지, 대통령 비서실과 부처가 담당하기로 했다. 참여정부에서 주로 설립된 대통령 소속 국정과제위원회(총 12개) 가운데도 균형발전위를 비롯해 동북아위ㆍ농어업특위ㆍ지속가능위ㆍ교육혁신위 등 10개를 없애기로 했다. 자유무역협정(FTA)과 행복도시 건설의 지원을 위해 필요한 FTA국내대책위와 행복도시건설위만 유지시켜 각각 기획재정부와 국토해양부로 이관했다. 이로써 대통령 소속 31개 위원회 중 8개 위원회만 살아남았으며 방송통신위원회와 인권위가 대통령 소속으로 신설됐다. 대통령 소속 국민고충처리위와 청렴위원회는 국민권익위로 통합된다. 비상기획위와 중기특위는 각각 행정안전부와 지식경제부로 이관됐다. 또 국무총리 소속 49개 위원회는 11개만 존치되며 각 부ㆍ처ㆍ청에 소속된 331개 위원회 중 151개는 없어지고 180개만 남는다. 친일반민족행위진상위(2008년 7월), 군의문사위(2009년 1월), 과거사정리위(2010년 7월) 등 존치 기한이 명시된 5개 위원회는 기한이 도래하면 폐지하기로 했다. 박재완 인수위 정부혁신TF팀장은 “설립목적이 완료됐거나 환경변화로 존치 이유가 없는 곳, 운영실적이 미미하고 유사위원회가 있는 경우, 단순 자문위원회 등을 우선 폐지했다”고 설명했다.