노무현 대통령은 제이유 사건 관련 수사검사가 이재순 전 청와대 사정비서관의 연루혐의를 잡기 위해 피해자 진술을 강요한 사건과 관련해 검찰에 대해 불만을 표시하면서 “(다만) 괘씸죄로 다루지는 않겠다”고 말했다. 노 대통령은 13일 오전 국무회의에서 김성호 법무부 장관이 ‘제이유사건 수사검사 진술강요 의혹 감찰결과 및 향후 대책’을 보고받았다. 노 대통령은 이 자리에서 유시민 보건복지부 장관이 “청와대 전 사정비서관이 무혐의로 결론 났다는데 그간 실추됐던 그 비서관의 불명예는 어떻게 되느냐. 시중에는 검찰 내부에 청와대를 조지면 영웅이 된다는 말이 있는데 사실이냐. 사실이라면 국가기강의 문제가 아닌가”라며 문제를 제기한 데 대해 이같이 말했다. 노 대통령은 “검사의 경우 수사하다 보면 영웅심리도 있을 수 있다. 그 점 충분히 이해한다. 명예욕 같은 게 없으면 수사 제대로 못한다. 정권에 치명적인 결과를 가져오는 것 다 좋다”면서 “그러나 불법수사는 안된다. 어느 조직이나 나름대로의 직업의식이나 명예심이 있는 법이다. 그게 견제와 균형을 이룬다. 정권과 대통령 겨냥하는 것도 좋다. 그러나 합법적으로 하라”고 요구했다. 노 대통령은 이어“청와대도 이를진대 정말 힘없는 사람들은 어찌 되느냐”며 “약한 사람, 국민들 처지를 생각하자. 이정도로 끝내고 괘씸죄로는 다루지 않겠다”고 말했다. 노 대통령은 그러나 “현재 국회에 계류돼 있는 사법개혁법ㆍ형사소송법 등이 국회를 통과했어야 했다는 생각이 든다”며 “공직자부패수사처 같은 것이 만들어졌으면 이번 사건을 공정하게 수사했을 것”이라고 덧붙였다. ‘괘씸죄로 다루진 않겠다’고 말했지만 검찰의 향후 대책과 태도에 대해 불만을 표시한 셈이다. 문재인 신임 비서실장도 “이번 사건에 관련된 수사라인이 인사조치 당했다는데 지방에서는 ‘왜 잘못된 사람을 지방으로 보내느냐, 지방 사람들 자존심 상하는 문제다’라는 반응이 나온다”며 “지방으로 전출하는 제도가 맞는지 전부처에 묻고 싶다”며 불만을 나타냈다. 이 과정에서 김성호 법무장관은 아무 말도 하지 않았다.