하드웨어 측면의 공공개혁이 거품제거를 통해 당장의 비효율을 제거하는데 있다면 소프트웨어 측면의 개혁은 이를 내재화, 항구적 효율체제를 구축하는데 있다.소프트웨어 개혁, 즉 운영시스템 개혁은 한마디로 「경쟁원리」 도입으로 압축된다. 경쟁원리를 도입키위해 정부는 ▲인사관리 ▲재정운용 ▲회계제도를 대대적으로 개편하고 있다. 경쟁을 기본원리로 한 인사관리란 조직 및 개인의 목표를 설정하고 개관적 성과지표를 개발, 이를 토대로 평가해 연공서열이 아닌 능력에 따른 인사는 물론 연봉책정, 성과급지급 등에 차등을 두는 방향으로 진행되고 있다. 또 3급이상 국장급 공무원중 30%를 외부에서 채용하는 개방형 임용제를 올해중 도입할 예정이다. 효율적 예산집행을 위해 재정운용방식을 편성 및 투입중심에서 산출, 성과중심으로 개편한다는 전제아래 예산절약 및 수입증대 인센티브제를 도입하는 한편 예산이월제도의 적용 범위를 확대해 나가기로 했다. 또 방만한 예산편성을 막기위해 1년 단위 예산편성방식을 다년도 예산편성방식으로 전환하고 중장기적 관점에서의 예산사업 평가체제를 구축하는 방안을 확정했다. 이밖에 재정운용방식의 개혁은 무분별한 예산팽창의 원인으로 지적돼 왔던 특별회계 및 기금 통폐합 작업이 올 상반기중 마무리될 예정이다. 회계제도의 투명성 확보를 위해 모든 공공기관의 회계방식을 단식부기에서 복식부기로 바꾸기로 하고 조만간 부천시 등 4개 지자체에서 시범운영에 들어간다. 기획위는 이같은 소프트웨어 측면의 개혁외에도 공무원들의 의식개혁을 촉진하기 위해 민원부서를 중심으로 고객헌장제도 도입을 추진중이다. 지난해 철도청 등 9개 기관이 시범실시한 고객헌장제도는 올해부터 확대시행된다. 고객헌장은 고객인 국민과의 약속을 선포하고 이를 어길 경우 일정한 보상을 해주는 것을 말한다.