노성일 미즈메디병원 이사장이 PD수첩의 보도내용에 대해 "짜깁기(편집)에 의한 진실 왜곡"이라고 주장한 데 대해 PD수첩측도 "노이사장이 진실을 왜곡하고 있다"면서 조목조목 반박하고 나섰다. 노 이사장은 23일 연합뉴스와 가진 전화 인터뷰를 통해 "PD수첩이 방송을 위해내 얘기 중 필요한 부분만 잘라 짜깁기를 했다"면서 "방송 인터뷰 때 모든 내용을녹취해 놓은 만큼 이를 바탕으로 법적 대응을 할 계획"이라고 말했다. 그는 "(PD수첩이) 난자를 채취한 후 부작용을 겪고 있는 임신부를 마치 우리 병원에서 한 것처럼 편집, 보도함으로써 공포분위기를 조성했다"면서 "이 환자는 다른병원의 환자"라고 주장했다. 이에 대해 PD수첩측은 "이 환자를 미즈메디병원의 환자로 보도한 적이 없다"면서 "자기의 모든 얘기를 보도하지 않았다고 해서 짜깁기라고 주장하는 것은 말이 안된다"고 해명했다. 노 이사장이 "특허료의 경우 (내가) 40%를 받아 이를 다시 3개 연구팀이 13%씩나누기로 했다고 말했는데도 마치 모두 내가 가지는 것처럼 나왔다"고 말한 데 대해서도, PD수첩은 취재 당시 황 교수로부터 전해들은 새로운 사실을 공개하고 정면 반박했다. PD수첩 관계자에 따르면 황 교수는 지난 10월 31일 취재팀과 인터뷰할 때 "애초에 노성일 원장이 50%의 지분을 요구했다. 그러나 서울대산학협력재단에 특허권이있기 때문에 50%는 문제가 있다고 판단해 40%로 줄이자고 했다"고 말했다는 것. 즉 노 이사장이 원래 50%의 지분을 요구했지만 황 교수의 만류로 40%의 지분만갖게 됐다는 게 PD수첩측의 설명이다. PD수첩 관계자는 "3명이서 나중에 13%씩 나누기로 이면합의를 한 것을 어떻게믿을 수 있겠느냐"면서 "특허권에 관계된 사람들의 이해관계 때문에 보도하지 않았지만 이렇게 된 이상 노 이사장이 이들 3명이 누구인지 명확히 밝혀야 한다"고 말했다. 노 이사장이 "취재팀이 국내의 다른 줄기세포 연구자를 취재차 안에 태우고 다니면서 국내 줄기세포 연구자들 간에 이간질을 했다"고 말한 데 대해 PD수첩은 "전문가한테 자문을 구한 것도 문제가 되느냐"고 반박했다. PD수첩측은 "PD수첩의 한 PD가 협박을 하기도 했다. 우리 병원의 연구원 1명은PD수첩 취재팀에 시달린 나머지 열흘 동안 입원했다가 퇴원했다"고 말한 데 대해서도 사실이 아니라고 해명했다. PD수첩 관계자는 "죄없는 사람이 (취재팀에게) 진실을 말하고 난 뒤 얼마나 괴로웠겠는가에 대해 연민의 정을 느낀다"면서 "그가 입원한 것이 누구의 탓인지 생각해 볼 일"이라고 주장했다. 노성일 이사장이 "PD수첩이 처음부터 왜곡된 의도를 가지고 취재를 했다. 이 같은 취재가 섀튼교수와의 결별에도 많은 역할을 했다"고 주장한 데 대해서도 PD수첩은 상반된 입장을 보였다. PD수첩은 "섀튼 교수는 10월 11일 한국서 열린 바이오메디 심포지엄에서 20분간인터뷰를 했다. 섀튼한테 `당신이 큰 역할을 한 것으로 알고 있는데, 배아줄기세포연구에서 한 역할이 무엇인지, 한국이 생명공학이 발전하게 된 배경이 무엇인지' 에대한 의견을 물었을 뿐"이라며 "연구원의 난자기증 의혹에 대해서는 전혀 묻지도 않았다"고 말했다. 이 관계자는 미국서 이뤄진 취재일정에 대해 "10월 19일에서 10월 23일까지 4박5일을 다녀왔다. 연구원 2명만 인터뷰를 했다. 섀튼은 인터뷰 당시 한국에 있었던상황으로 안다. 섀튼이 왜 돌출적으로 행동하는지 우리도 모른다"고 덧붙였다.