일본측 기록상으로는 해상자위대 함정도 지난 2000년 독도 주변 해역에서 기본적 해양 조사를 실시한 것으로 나타났다. 27일 일본 해상보안청 해양자료센터(JODC) 자료에 따르면 지난 2000년 4월11일코드명 'DF'인 배가 독도 북방 약 17해리(32㎞) 지점에서 수온과 해류를 측정했다. 우리나라 해양수산부와 해양조사원 등은 이 'DF'코드가 해상자위대를 뜻하는 것으로 해석하고 있다. 정부 관계자는 "DF를 JODC 기록에서 자위대 선박을 표시하는 코드로 사용되고있다"며 "그러나 실제로 당시 자위대 함정이 조사했는지 여부는 현재 확인할 수가없다"고 말했다. 이 관계자는 "국제법상 군함은 타국의 영해(12해리내)내에 진입할 경우에는 3일전까지 통보해야하지만 나머지 해역에 대해서는 자유통항권이 있어 법적 위반을 따지기는 힘들다"며 "그러나 분명 통상적인 일은 아니다"고 설명했다. 또 그는 "이 같은 과거 일본측의 독도 주변 해역 조사에 대한 항의 여부나 향후비슷한 사례에 대한 대응책 등을 정부내에서도 협의하고 있다"고 덧붙였다. 정부는 JODC 자료를 토대로 일본이 2000년부터 2001년까지 해상보안청 순시선과자위대 선박 등을 포함, 여섯 차례에 걸쳐 독도 기점 14~38해리 지점에서 수온.염분.해류 등을 측정한 것으로 파악하고 있다.