재건축ㆍ재개발 아파트 입주권도 양도세 장기보유특별공제 대상에 포함된다는 결정이 내려졌다. 이에 따라 입주권 형태로 아파트를 매도해 양도세를 낸 투자자들의 심판청구도 잇따를 전망이다. 12일 국세심판원은 A모씨가 국세청을 상대로 제기한 “재건축 아파트의 입주권을 양도할 경우 장기보유특별공제를 기존 부동산의 차익뿐만 아니라 입주권의 양도차익에 대해서도 적용해야 한다”는 심판청구를 받아들였다. 이번 결정으로 아파트 입주권을 매도할 때에도 보유기간에 따라 10~45%의 양도세를 경감받을 수 있게 됐다. 그동안은 분양권, 재건축 입주권 등은 주택이 아니라는 이유로 장기보유특별공제 대상에서 제외됐었다. 장기보유특별공제율은 ▦보유 3~5년 미만 10% ▦5~10년 미만 15% ▦10~15년 미만 30% ▦15년 이상 45% 등이다. 심판원에 따르면 1세대1주택 보유자인 A씨는 지난 87년 5월15일 취득한 송파구 잠실동 주공아파트(19평형)를 재건축 사업승인(2003년 2월8일)을 받은 뒤 2003년 11월12일에 8억2,500만원에 양도했다. 해당 주택은 6억원을 넘는 고급주택이어서 양도세 부과 대상으로 분류됐고 A씨는 장기보유특별공제를 취득일~사업계획승인일까지 적용해 양도소득세를 자진납부했다. 이후 A씨는 기존 주택뿐만 아니라 분양권(입주권)에 대해서도 장기보유특별공제를 받아야 한다고 추가 납부한 양도소득세 1,215만원의 환급을 요청했지만 국세청은 “주택을 취득할 권리인 입주권은 장기보유특별공제 대상에서 제외되는 게 맞는 것인 만큼 양도소득세를 환급할 수 없다”고 거절했다. 국세심판원은 1세대1주택일 경우 입주권은 주택으로 의제(간주)되고, 해당 주택이 6억원을 넘는 고급주택이어서 양도세를 낸 만큼 입주권도 장기보유특별공제 대상에 포함시켜야 한다고 밝혔다. 국세심판원은 “입주권을 주택으로 보는 경우 양도하는 주택은 기존 주택이 아니라 입주권에 의해 새로 취득할 주택”이라며 “장기보유특별공제율을 산정할 때 보유기간은 주택의 취득일~입주권 양도시점까지 계산해야 한다”고 밝혔다. 또 면적기준도 새로 분양받을 주택의 면적을 기준으로 해 장기보유공제율을 산정해야 한다고 덧붙였다.