한일 정상회담이 시종 냉랭한 분위기 속에서 열린 데 이어 양측 참모진간에도 ‘브리핑 신경전’을 벌여 불편한 양국 관계를 그대로 드러냈다. 양국 정상이 회담에서 나눈 이야기를 참모들이 서로 다르게 전한 것이다. 일본의 주요 언론들은 19일자 조간에서 ‘일본 정부관계자’를 인용, 노무현 대통령이 회담에서 “총리의 야스쿠니 참배는 ‘한국에 대한 도전’이라고 말했다”고 일제히 보도했다. 이에 대해 김만수 청와대 대변인은 19일 “일본측이 대통령의 발언을 ‘일본의 도전으로 받아들인다’는 식으로 브리핑 했나본데 사실과 다르다”며 ““(일본 언론 보도대로) ‘일본의 도전’이라고 표현된 것은 없다”고 해명했다. 앞서 회담이 열렸던 18일 오후 정우성 청와대 외교보좌관은 “노 대통령은 야스쿠니 신사 참배, 역사왜곡, 독도 문제에 대한 일본의 입장을 한국 국민들이 받아들이기 어렵다”고 말했었다.