정부합동조사단은 23일 서해 NLL사건에 대한 조사결과 실무자들의 부주의한 근무자세에 따른 것으로 최종 결론짓고 장성급 2명, 영관급 실무장교 3명 등 관련 책임자 5명을 엄중 문책할 것을 노무현 대통령에게 보고했다. 노 대통령은 이에 대해 “이번 사건의 본질은 보고의 정확성과 신속성이 지켜지지 않은 데 있다”고 유감을 표시하면서도 이번에는 경고적 수준에서 경징계할 것을 지시했다. 박정조 국방부 동원국장을 단장으로 한 정부조사단은 이날 “지난 16일부터 어제까지 조사결과를 종합한 결과 북한 경비정의 NLL침범에 대해서는 작전예규에 따라 정상적으로 대응했지만 이후 상황보고를 누락한 것으로 지휘관과 실무자들의 근무 부주의에 의한 것”이라고 밝혔다. 정부조사단은 이에 따라 김성만 해군작전사령관(해군 중장)과 백운고 합참 정보융합처장(육군 준장) 등 장성급 2명과 합참 정보와 작전계통 실무 책임자 3명을 징계할 것을 국방부에 통보했다.