세종시 수정안이 국회 국토해양위원회에서 부결됨에 따라 정부는 세종시 입주기업과 동일 수준으로 맞추려던 혁신도시 입주기업에 대한 세제지원 방침을 전면 백지화하는 쪽으로 가닥을 잡고 있다. 또 인센티브 지원에 대한 형평성 논란으로 추진된 기업도시개별특례법 개정도 함께 부결되면서 기업도시에 사업부지를 원형지 형태로 확대 공급하도록 하는 방안도 무산될 것으로 보인다. 세종시 수정안 추진이 사실상 백지화됨에 따라 함께 추진하던 혁신도시와 기업도시에 대한 세제감면을 비롯해 원형지 공급 등의 계획이 전면 수정되거나 백지화가 불가피해졌기 때문이다. 정부는 특히 세종시 원안 추진에 따라 수정안에 버금가는 추가 세제지원 혜택 요구가 있지만 고려하지 않겠다는 입장을 나타냈다. 23일 정부 당국의 한 관계자는 "세종시 수정안이 사실상 백지화된 만큼 형평성 논란 때문에 동일 수준으로 추진된 혁신도시와 기업도시에 대한 인센티브 부여도 무산된 것 아니겠느냐"면서 "혁신도시 입주기업에 주어지는 법인세와 소득세, 취득∙등록세 감면을 비롯해 기업도시에 대한 원형지 공급 확대 방안도 모두 백지화된 것으로 이해하면 될 것"이라고 밝혔다. 기획재정부의 한 관계자도 "세종시 수정안 부결로 세제지원이 사실상 백지화되면 혁신도시와 기업도시에 대한 혜택도 없었던 것으로 될 공산이 크다"면서 "그렇다고 원안 추진에 맞춰 혁신도시와 기업도시에 대한 추가 지원책을 검토할 계획도 없다"고 못박았다. 세종시 수정안에 포함된 입주기업 세제지원은 제조업과 전기통신업ㆍ연구개발업ㆍ정보서비스업 등 33개 업종, 100억원 이상(연구개발업 20억원, 물류업 50억원 이상) 투자기업에 오는 2012년까지 법인세와 소득세 3년간 100%, 2년간 50%를 감면해주는 내용이다. 또 취득ㆍ등록세와 재산세는 지방자치단체 조례에 따라 15년간 감면된다. 아울러 지역 균형발전 차원에서 혁신도시 입주기업은 세종시와 동일한 수준으로 세제혜택을 주고 기업도시 개발주체(기업)에는 원형지 확대공급이 가능하도록 할 계획이었다.