전문가들은 제약주 가운데서도 신약 관련주가 테마를 형성할 가능성이 높다고 보고 있다. 유한양행은 위궤양치료제를, 부광약품은 B형간염치료제를 내년 상반기 상품화할 예정이고, 동아제약은 발기부전치료제를 내년 하반기 시장에 선보일 계획이다. 한미약품도 새로운 항암제를 2007년까지 상품화할 방침이다. LG생명과학은 2006년를 서방출성 인간성장호르몬과 B형 간염치료제를 시판할 계획이다. 특히 이 회사의 경우 국내 최초로 미국 식품의약청(FDA)으로 부터 승인을 받은 퀴놀론계 항생제 팩티브가 9월 미국 시장에 출시된다는 것을 주목하라고 교보증권은 권고했다. 반면 황우석 교수가 여론의 조명을 받을 때마다 들썩거리는 줄기 세포주는 실적보다 심리적 요인이나 특정 재료에 좌우되는 만큼 투자에 유의해야 한다는 게 전문가들의 공통된 의견이다. 줄기세포 관련주로는 배합사료업체인 선진과 조아제약, 유전자광학 관련업체인 마크로젠, 부광약품, 제대혈 공여은행 사업을 하는 한국스템셀, 산성피앤씨 등이 있다.