정부가 제시한 대학구조개혁정책의 기본 방향은 ‘자율 추진’으로 요약된다. 국ㆍ공립대는 직접적 재정지원의 차별화를 통해서, 사립대는 행정ㆍ조세 등 관련제도의 정비를 통해서 대학 스스로가 개혁을 이룰 수 있도록 ‘유도’한다는 것이다. 올해 정부의 대학 구조개혁자금(800억원)이 턱없이 적은 것도 이 같은 대학별 자율추진 원칙을 고수하기 때문이다. 올해 책정된 전문대 특성화 유도 자금(1,615억원)의 절반에 불과하다. 일부에선 이 때문에 정부의 구조개혁 정책의 성공에 회의적인 시각을 보내고 있다. 이에 따라 교육부는 대학에 관한 예산지원 등 모든 정책수단을 철저히 구조개혁과 연관지어 시행한다는 방침을 세웠다. 2단계 두뇌한국(BK21)사업, 의ㆍ치의학 및 법학전문대학원 설치 등은 국ㆍ공립 대학들의 연구중심대학 육성정책과 연계하고, 수도권대학 특성화 사업, 지방대 혁신역량 강화사업(NURI), 산학협력중심대학 사업 등은 사립대학들의 교육중심대학 정책과 연결짓겠다는 구상이다. 이와 함께 교육부는 대학구조개혁 지원 사업을 내년부터는 다년도 사업으로 전환, 지원규모도 점차 키우기로 했다. 2009년까지 대학구조개혁자금을 매년 3,000억원으로 늘리고 통폐합 선도대학에는 연간 200억원씩 2~5년간 집중 지원할 계획이다. 아울러 각 대학별 신입생 충원율, 교수1인당 학생수, 졸업생 취업률, 예결산 내역 등 대학의 내부 정보를 공개 하는 ‘정보공시제’를 도입한다. 기업들의 사립대 기부금 손금 인정비율을 현행 50%에서 100%까지 전액 확대하는 방안도 추진한다. 이 같은 구조개혁이 성공적으로 마무리되면 2007년까지 국립대학 수는 현행 50개에서 35개로 15개 가량 줄어들고 입학정원도 10%정도 감축된다는 것이 교육부의 기대다. 또 2010년까지 세계수준의 연구중심대학이 15개 내외 탄생하고, 산업수요와 연계된 특성화 대학이 전국 각지에 들어설 것으로 교육부는 내다보고 있다.