대주주가 주식을 팔 때 먼저 취득한 주식을 양도한 것으로 간주해 양도세를 부과하는 것은 잘못됐다는 법원의 판결이 나왔다. 서울행정법원 단독1부(조성권 판사)는 엔씨소프트 대주주 이모씨가 마포세무서장을 상대로 낸 양도세부과처분 취소 청구소송에서 “고객의 이익을 고려한 증권사의 후입선출법에 의한 양도세계산방식을 과세관청도 존중해야 한다”며 원고 승소판결을 내렸다. 그동안 증권사들은 대주주의 잔고주식을 취득일자별로 구분ㆍ관리하면서 주식을 매도할 경우 후입선출법에 따라 나중에 취득한 주식을 매도한 것으로 간주해 양도세를 계산해왔다. 재판부는 판결문에서 “증권사들이 관행적으로 적용해오던 후입선출에 의한 양도가액계산법은 고객의 이익을 고려한 것으로서 타당하다”고 밝혔다. 이씨는 남편과 함께 지난 99년 엔씨소프트 주식 총 11만7,000여주를 보유하고 있었으며 2000년 2만4,000여주를 추가로 매입했다가 같은 해 5만5,000여주를 매도했다. 이씨측은 나중 취득한 주식을 매도한 것으로 간주해 3억122만원으로 양도세를 신고했으나 마포세무서측이 먼저 취득한 주식을 매도한 것으로 간주, 3억4,055만원으로 양도세를 매기자 소송을 냈었다.