교육부가 지난 95학년도부터 98학년도까지 4년간 9개 의대 신설을 인가한 것과 관련, 당시 고위층 개입 등 비리 의혹이 있다는 주장이 제기됐다. 자민련 金日柱의원은 23일 교육부에 대한 국회 교육위원회 국정감사에서 "교육부가 부처 협의사항을 묵살하고 의대 신설을 '무더기' 인가하는 과정에 당시 집권세력의 정치적 로비가 작용했을 가능성이 있다"고 주장했다. 金의원에 따르면 교육부는 95학년도에 보건복지부가 부속병원 건립 조건으로 강원.관동.건양.서남대 등 4개 의대 신설에 동의했으나 교육부는 이 조건을 빼고 의대신설을 허가한데 이어 96학년도에 대선공약을 이유로 제주대 의대 신설을 인가했다는 것. 또 97학년도에 복지부의 '의료 취약지역의 부속병원 건립 조건'을 무시, 대전 을지의대, 수원 성균관의대, 포천 중문의대 신설을 인가했다 복지부로부터 '의료인력수급정책에 차질이 우려된다'는 공식 항의를 받았다고 金의원은 밝혔다. 특히 98학년도에는 호남지역에서 목포대, 순천대 등 6개 대학이 의대 신설을 신청했음에도 가천의대를 인천 강화에 신설토록 인가하면서 부속병원은 전남지역에 설립하는 조건을 붙였다고 지적했다. 金의원은 "이처럼 교육부가 부처 협의사항을 무시하고 원칙없이 의대 신설을 인가한 배경에 청와대 모 수석이 개입했다는 의혹이 있다"며 "설립 인가 과정에 대해 특별감사를 실시하라"고 촉구했다.