황우석 교수팀은 2004년 2월과 2005년 5월 두차례 사이언스에 연구논문을 발표하기에 앞서 국립과학수사연구소(국과수)를 통해 비공식적으로 배아줄기세포의 DNA일치 여부에 대한 확인을 거친 것으로 나타났다. 국과수 유전자분석과 관계자는 "황 교수팀이 체세포 핵이식복제기술을 이용해만든 배아줄기세포에 대한 DNA분석을 비공식적으로 의뢰해 체세포의 DNA와 배아줄기세포의 DNA가 서로 일치한다는 사실을 확인해 준 적이 있다"고 1일 밝혔다. 황 교수팀의 관계자도 "국과수에서 검증하고, 사이언스에서 재차 검증하는 과정을 거쳤다"고 말했다. 국과수 관계자는 황 교수팀이 공식 공문을 보내 DNA검사를 요청하지 않고, 황교수팀 연구원과 국과수 연구원간의 친분관계를 통해 비공식적으로 의뢰한 것에 대해 "나름대로 이유가 있었을 것"이라며 "특허문제가 걸려 보안을 유지하기 위해 그런 것이 아닌가라고 생각된다"고 덧붙였다. 한편 이 관계자는 PD수첩에서 11월30일 정식 공문을 보내 황 교수팀의 환자 맞춤형 배아줄기세포에 대한 PD수첩 자체 DNA검사결과를 리뷰해달라고 요청해와 이를수용하기로 했다고 말했다. 그는 이 사안이 사회적인 현안이기 때문에 PD수첩의 요청을 받아들이기로 했다고 설명했다. 그는 PD수첩이 DNA검사 결과표 등 관련 서류를 접수하는 대로 검사단계별로 제대로 검사가 이뤄졌는지, 검사결과는 제대로 해석했는지 등 검사과정 전반에 걸쳐확인작업을 실시할 예정이라고 덧붙였다. 앞서 PD수첩은 배아줄기세포의 진위를 알아보기 위해 황 교수팀에게서 받은 배아줄기세포 5개에 대한 DNA검사를 두 군데의 실험기관에 맡겨 DNA일치 여부에 대한검사를 한 것으로 전해졌다.