한미 양국간 통관절차가 현행보다 대폭 간소화하는 규정이 채택됐다. 우선 까다로운 원산지 증명서 요구가 간소화된다. 관세청이나 상공회의소 등 기관을 통해야만 발급받을 수 있는 ‘원산지 증명서’를 수출업체ㆍ생산업체는 물론 수입업체도 자율적으로 작성해 발급할 수 있어 비용과 시간을 절감하게 됐다. 원산지증명서식은 필수사항만 기재하면 되고 유효기간은 4년으로 결정됐다. 다만 미화 1,000달러 이하의 상업용 또는 비상업용의 소액물품의 경우 원산지증명서를 제출할 필요가 없다. 이와 함께 특혜관세 적용에 필요한 품목분류ㆍ원산지ㆍ쿼터세율 등 의문사항에 대해 세관당국이 미리 심사해 알려주는 원산지 사전판정제도도 시행된다. 세관당국은 사정판정 요청을 받을 경우 원칙적으로 90일 이내에 판정을 해 그 결과를 통보해줘야 한다. 수입신고 당시 특혜관세를 신청하지 못한 경우에는 수입통관 1년 이내에 사후 신청할 수 있다. 수입화물이 공항이나 항만에 도착한 후 48시간 이내에 반출하도록 하고 화물 도착 이전에 수입신고서류를 제출하는 ‘수입 전 사전신고제도’가 도입된다. 현재 한국의 화물이 미국 공항ㆍ항만에 머무르는 시간은 최장 5일에 이르렀으나 협정문에 ‘48시간 이내’라는 규정을 명시, 미국 현지 통관절차가 한결 신속해질 것으로 기대된다. 또 시간 단축이 생명인 특급화물의 경우 통관서류를 최소화하고 절차를 대폭 간소화해 원칙적으로 서류 제출 후 4시간 이내에 국내 반출을 허용하기로 했다. 이에 따라 무역업체들이 애로사항으로 꼽았던 9ㆍ11 테러 이후 장기화된 미국의 통관시간이 대폭 단축될 것으로 보인다.