납세자의 권익 보호를 위한 제도개편도 이번 세제개편에 포함됐다. 우선 세금 체납시 압류금지 재산에 생계유지에 필요한 소액 금융자산을 추가했다. 여기서 소액 금융자산이란 ▦질병ㆍ재해 등에 대비해 불입한 소액 보장성 보험(납입액 300만원 이하) ▦120만원 한도 내에서 생계비ㆍ자녀교육비ㆍ의료비 ▦국민연금ㆍ노령연금 수급액을 예치한 예금잔액(120만원) 등이다. 성실 납세자에게 부득이한 경우 세금 체납 유예처분을 해주고 있는데 현재는 별도로 납세 담보를 제공해야 한다. 하지만 내년부터는 납세 담보를 제공하지 않고 납부계획서만으로 대체할 수 있도록 바뀐다. 세금 체납시 매겨지는 중가산금 규정도 바뀐다. 현재는 체납세액이 50만원 이상이면 매월 체납된 세액에 대해 0.12%가 가산된다. 정부는 이 규정을 바꿔 체납세액 100만원으로 상향 조정하기로 했다. 동시에 앞으로는 세금 불복 청구가 더 까다로워진다. 현행 규정은 과세일로부터 3개월 내 불복청구 또는 신고 후 3년 내 경정청구를 할 수 있다. 내년부터는 90일 이내에는 불복청구와 경정청구를 허용하지만 불복기간이 경과하면 경정청구를 제한하기로 했다. 즉 납세자가 신고한 세금이 잘못 계산됐다고 했을 때 신고 후 3년 내 수정을 요구할 수 있지만 앞으로는 90일이 지나면 못하게 된다.