부산진해경제자유구역의 가장 큰 문제점은 인천경제자유구역과 인근의 상하이 등 경쟁 특구와 비교할 때 부지 조성과 함께 외자유치를 병행해야 한다는 점이다. 외국 대부분의 경제특구들이 정리된 부지와 기반시설을 갖춰 놓고 투자를 유인하는데 비해 부산진해경제자유구역은 부산신항만, 부산과학산업단지 등을 제외하면 투자자들에게 보여줄 게 없다. 구역청이 개발계획을 앞당기는 이유도 여기에 있다. 또 경제자유구역의 복잡한 개발 절차도 발목을 잡고 있다. 개발사업 인허가,산업입지,공장건설 등이 중앙정부와 지방자치단체로 이원화돼 있고 여러 부처에 분산돼 원스톱 개발체제를 갖추지 못한 것이다. 지난 13일 개청 2주년 기념세미나에서도 이 같은 문제가 지적됐다. 김효영 구역청 행정개발본부장은 “구역청은 머리(중앙정부,지자체)는 없고 손발만 갖고 있다”며 “구역청이 주도적을 할 수 있는 것이 아무 것도 없다”고 지적했다. 지자체와 중앙정부가 구역청을 이중으로 옭아매 독립적인 운영권한이 없다는 점이다. 그는 또 “완성된 사업계획을 올려도 재경부 등 중앙정부와 지자체에서 또다시 검토하는데 시간이 걸려 개발이 지연되는 사례가 많다”고 설명했다. 또한 경제자유구역법이 다른 개발사업법에 비해 국비지원 비율이 낮은 점도 걸림돌로 지적되고 있다. 산업용지 기반시설 조성공사에는 국비가 100% 지원되는 반면 경제자유구역에는 50%만 지원하고 있다. 이밖에 구역청이 국가적인 대규모 프로젝트임에도 불구하고 국민들의 인지도가 낮은 것도 문제점으로 지적할 수 있다. 단순한 지역경제 활성화를 위한 사업이 아니라 동북아 물류허브 구축을 위한 중대한 사업임을 국민들에게 적극 홍보할 필요가 있다는 것이다.. 이에 대해 김철홍 재정경제부 경제자유구역기획단 개발지원팀 과장은 “경제자유구역은 태생적으로 성급하게 추진된 면이 있다”며 “시행과정에서 제도적 문제점이 발견되면 고쳐 나갈 방침”이라고 밝혔다.