정부와 기타 공공기관으로 분류되는 출연연구기관(출연연)들이 강화된 규제를 두고 여전히 깊은 갈등을 빚고 있다. 정부는 "정부 예산을 받는 기관인 만큼 일정 부분 규제는 당연하다"고 주장하는 반면 출연연들은 "연구기관을 일반 공기업과 똑같은 잣대로 평가하지 말라"며 반발하고 있다.

26일 미래부에 따르면 올해 초 출연연을 포함해 도입한 산하 공공기관 정상화 대책에 대해 올 6월께부터 이행실적을 분기마다 점검할 계획이다. 일부 출연기관은 이를 즉시 도입했으며 일부는 몇몇 사안에 대해 노사협의를 거치는 중이다.

미래부는 앞서 지난 1월 출연기관에 대해 △성과평가에 방만경영 개선성과를 포함해 그 결과를 연구ㆍ개발(R&D)예산 편성 반영 △교육비ㆍ의료비ㆍ경조사비ㆍ국외여비 등 각종 복리후생 금지ㆍ제한 △연구비 유용ㆍ공용자산 등 사용 금지 △여성ㆍ장애인 채용 확대 및 불법 소프트웨어 사용 금지 등 20개 규제 강화 방안을 발표했다.

미래부의 한 관계자는 "연구기관의 경우 부채 문제보다는 복리후생 쪽에 초점을 맞춰 조정한다"며 "공공기관 신뢰 회복 측면서 미래부 자체적 특성을 반영해 방안을 내놓았다"고 설명했다.

하지만 이에 대해 각 출연연들은 여전히 불만의 목소리를 내고 있다. 방만 경영 등 수익 사업을 하는 공기업에나 해당 되는 내용을 연구기관에까지 대거 적용 시켰다는 것. 자율적으로 연구에 매진해야 할 기관이 감사 준비로 1년을 허비하게 생겼다는 볼멘소리도 나온다.

A 연구원 원장은 "일부 연구원들은 지금도 별도 팀을 만들어 1년 내내 감사 준비만 하는데 이런 비효율이 없다"며 "공공기관 굴레에서 벗어나는 건 모든 출연연의 한결같은 희망"이라고 비판했다. B연구원의 한 관계자도 "연구기관은 수익 사업을 하는 게 아닌데도 방만 경영의 틀로 재단한다"며 "지금 미래부가 한다는 정상화 방안은 외려 정상을 비정상으로 돌리는 일"이라고 꼬집었다.

일부에서는 출연연을 기타 공공기관에서 아예 해제해 자율성을 획기적으로 높여야 한다는 주장도 나온다.

현재 출연연은 '공공기관 운영에 관한 법률(공공법)'과 '과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률(정출법)' 등에 의해 관리를 받고 있는데 이중 공공법에서는 제외해 개별법인 정출법으로만 관리를 하자는 것.

이런 내용을 담은 공공법 개정안은 지난 2일 국회 본회의를 통과하지 못한 채 현재 계류 중이다. 민병주 새누리당 의원 등 일부 국회의원은 앞으로 이 법을 다음 국회 본회의 때는 통과될 수 있도록 추진한다는 방침이다.

지난해 공공법 개정안을 대표 발의한 민 의원 사무실 관계자는 "출연연을 공공법과 정출법 등으로 이중 관리할 필요가 없다는 게 우리 입장"이라며 "기재부에서 공공법 개정 없이 다른 방편으로 이를 보완하겠다고 해 지켜봤으나 여전히 미흡한 것으로 판단, 공공법 개정안을 다음 국회 때 다시 통과시키도록 노력할 예정"이라고 말했다.

그러나 기재부 등 해당 부처는 출연연의 기타 공공기관 해제에 대해 여전히 반대 의견을 명확히 하고 있다. 기재부의 한 관계자는 "공기업과 준정부기관과 달리 공공법에서 기타 공공기관인 출연연에 적용하는 규제는 정말 최소화된 것뿐"이라며 "지금 제도 아래서도 충분히 특수성, 자율성 반영해 운영할 수 있다"고 주장했다.