내년도 남북협력사업에 국채발행을 통해 마련된 기금이 사용된다. 통일부는 2일 국회 통일외교통상위 예산안 심의를 앞두고 국회에 제출한 ‘2006년도 남북협력기금 운용계획’을 통해 정부 출연금 6,500억원 외에 국채 발행을 통한 정부 기금인 ‘공공기금 예수금’ 4,500억원을 남북협력사업을 위한 기금에 포함시켜 운용하겠다고 밝혔다. 이는 대북사업이 농업ㆍ광업ㆍ경공업 등 전방위로 확대되고 있음에도 불구하고 정부 출연금은 2005년 5,000억원에 비해 1,500억원 늘어난 6,500억원에 불과, 기존 조성 방법으로는 대북사업을 이어나갈 수 없기 때문이다. 이에 따라 통일부는 재정경제부와 협의, 애초에 경수로 사업 대출 및 청산조치를 위해 책정된 예수금 1조7,000억여원 중 일부인 4,500억원을 남북협력기금의 ‘남북협력계정’으로 옮겨 남북교류 협력 및 인도적 지원 사업 등 남북협력 사업에 쓸 계획이다. 통일부는 애초에 정부출연금을 1조원 가량 늘릴 계획이었지만 부처간 협의에서 여의치 않자 일단 ‘사업 중단 예정’인 신포경수로 사업을 위한 자금을 옮겨온 것으로 알려졌다. 통일부는 2006년도 남북협력기금운용 총 규모를 올해 대비 110.3%(1조3,809억원) 증가한 2조6,334억원으로 책정했다. 한편 통일부는 국회에 제출한 ‘경추위 합의사항 이행관련 연도별 소요액’이라는 자료에서 북한에 쌀ㆍ비료 외에도 내년부터 5년간 농업ㆍ경공업 등 6개 분야에 걸쳐 5조2,500억원을 지원하겠다고 밝혔다.