전국시도지사협의회가 교육감 직선제 폐지를 요구하고 나선 가운데 양대 교원단체인 한국교원단체총연합회와 전국교직원노동조합은 7일 이에 대해 강력한 반대 의사를 밝혔다. 교총은 "시도지사들이 주민의 관심이 높은 교육 문제를 지지를 끌어 모으는 정치적 도구로 활용하려 든다"며 "직선제 폐지는 교육의 자주성과 전문성, 정치적 중립성을 규정한 헌법 정신을 부정하는 것"이라고 주장했다. 이어 "지방분권을 빌미로 교육자치를 훼손하지 말라"고 지적하며 "6.2 지방선거에서 나타난 직선제의 문제점을 보완한 교육감 선거제도 개선안을 마련해 조만간 발표하겠다"고 밝혔다. 전교조도 "어처구니 없는 주장"이라고 평가절하한 뒤 "취임 100일을 맞아 새로운 각오를 다지고 있는 교육감을 격려하지는 못 할망정, 남의 백일상을 뒤엎고 판을 깨려는 모습에 추악한 권력독점욕 냄새만 난다"고 비난의 목소리를 높였다. 이어 "여야 시도지사 모두 교육감 직선제 폐지에 동의했다니 각 당이 교육 자치에 대한 최소한의 개념과 철학이 있는지 의문"이라고 꼬집었다. 전국시도지사협의회는 전날인 6일 진주에서 열린 제23차 정기회의에서 '선진 지방분권국가 실현을 위한 공동 성명서'를 채택하고 교육감 직선제 폐지를 요구했다.