정부의 쏟아지는 고용관련 세제혜택에 기업들의 혼란이 우려된다. 특히 23일 29년 만에 임시투자세액공제를 폐지하고 대체격으로 내놓은 고용창출투자세액공제 제도의 경우 내년 상반기 6개월 동안은 고용증대세액공제와 중복돼 선택을 해야 한다.

24일 기획재정부 관계자는 "원칙적으로 고용 관련 세제의 공제혜택은 중복이 안 된다"며 "해당 중소기업은 고용증대세액공제와 고용창출공제중 선택을 해야 한다"고 말했다.

지난 3월 국회를 통과한 중소기업 고용증대세액공제는 전년도와 비교해 상시근로자 인원을 늘린 중소기업이 고용증대세액공제 혜택을 받을 수 있다. 예를 들면 작년 1~12월 월평균 근로자 수와 올 3월부터 12월까지 월평균 근로자 인원의 차이만큼 세액공제가 가능하다. 1명 늘어날 때마다 300만원씩 세액이 공제된다. 단 고용증대세액공제는 2011년 6월30일 종료된다. 이에 따라 중소기업은 고용창출공제가 12월 국회를 통과해 내년 1월부터 시행될 경우 고용증대세액공제가 일몰되는 6개월은 유리한 세제혜택 하나를 선택해야 한다. 내년 6월 임시국회에서 고용증대세액공제가 일몰연장 될 경우에는 선택기간은 더 길어진다. 중소기업 관계자는 "중소기업의 신규 투자가 어려운 상황에서 고용창출공제는 그림의 떡이 될 수 있다"며 "기존 고용증대세액공제가 더 유리할 수도 있는 상황"이라고 말했다.

고용창출공제의 적용대상과 고용범위도 논란이다. 결론적으로 수도권과밀억제지역 이외 지역에서 설비투자를 한 후 생산직이 아닌 서울 본사 영업인력 등이 늘어나도 혜택을 받을 수 있다. 또 해당 사업장의 고용 증대가 아니어도 혜택을 받는다. 예를 들어 삼성전자 기흥 반도체 공장의 설비투자를 늘린 후 서울 본사의 고용인원이 늘어도, 광주 가전공장의 인력이 늘어도 고용창출공제 혜택을 받을 수 있다. 재정부 관계자는 "투자대상 지역에만 고용증대가 일어나야 한다는 오해가 있다"며 "정책목적상 기업이 투자를 하고 고용을 늘렸다면 세액공제 대상이 된다"고 말했다.

한편 이번 세제개편에는 중소기업 고용유지기업에 대한 세액공제와 고용유지기업에 종사하는 근로자에 대한 소득공제제도가 일몰 종료됐다.