수도권 전철 청주공항 연결노선안을 놓고 천안시와 연기군의 갈등이 커지고 있다. 천안시는 최근 국토해양부가 개최한 제2차 국가철도망 구축계획 공청회에서 제시된 천안~조치원~청주공항 노선안이 천안~청주공항 직선노선안에 비해 운행시간, 이용수요, 경제성, 접근성 등에서 뒤떨어진다며 천안~청주공항 직선노선을 반영해야한다고 주장하고 있다. 천안시는 성무용 천안시장 명의로 이 같은 내용을 담은 건의문을 국토해양부와 충남도, 한국교통연구원에 제출하는 등 직선노선 관철에 총력전을 전개할 태세다. 천안시는 국가 백년대계를 감안해 객관적으로 판단해 결정하고 시행해야 하며 충남ㆍ북 균형발전, 청주국제공항 및 독립기념관 활성화, 접근성 제고, 경제적 타당성 등 모든 측면에서 절대적으로 유리한 직선노선을 국가계획에 반영해야 한다고 촉구했다. 천안시는 지난해 11월 실시한 타당성 조사 용역결과 또한 39.63㎞의 직선노선 운행시간이 24분인 반면 56.15㎞의 우회노선은 40분이나 소요되는 것으로 나타났다고 지적했다. 이에 대해 연기군은 공청회에서 제시된 천안~조치원~청주공항 노선을 적극 환영하고 있다. 연기군은 2008년 한국철도시설공단의 비용편익 분석에서 조치원 경유노선안이 1.06인 반면 직선노선은 0.75로 나타났을 뿐만 아니라 노선결정의 핵심인 공사비도 조치원 경유노선이 1조2,011억원인 반면 직선노선은 2조4,322억원으로 2배이상 들어간다며 조치원 경유노선이 현실적 대안이라고 주장하고 있다. 연기군은 기존 노선을 활용하게 될 조치원 경유노선안은 세종시와 오송의료단지, 대덕특구 등과 연계돼 시너지를 창출하게 되며 수도권에서 통학하는 조치원지역 대학생들의 교통문제도 해결하게 된다고 당위성을 설명하고 있다.