2005년 사이언스 논문은 황우석 교수의 말대로'돌이킬 수 없는 인위적 실수'로 큰 상처를 입었다. 그래서 더 이상 유지할 명문조차 잃어 자진철회 절차를 밟고 있다. 전 세계를 떠들썩하게 만들며 난치병 환자들에게 희망을 주었던 맞춤형 줄기세포가 없다는 사실을 스스로 고백한 것이다. 지금까지 전개된 '황우석 파문'의 과정을 돌이켜 보면 2005년 논문은 애초 출발부터 많은 문제를 안고 있었다. 결론적으로 황 교수팀은 수립하지도 않은 맞춤형 줄기세포를 마치 있는 것처럼위장해 테라토마 검사를 하고, DNA지문분석을 하고, 줄기세포 사진을 찍는 등 가공의 데이터를 만들어 허위 논문을 썼다. 당연히 논문은 온통 오류 투성이일 수 밖에 없다. 황 교수 자신의 주장대로 애초부터 바꿔치기가 됐다는 것을 받아들인다면 결국허위 데이터를 바탕으로 논문을 작성했기 때문에 어디가 어떻게 조작됐는지 말하는게 무의미할 정도로 처음부터 끝까지 조작됐다고 하는 게 더 정확한 표현일 것이다. 논문의 문제는 PD수첩이 10월20일 미국 피츠버그대 현지에서 김선종 연구원으로부터 확보한 '중대 증언'에서 먼저 불거져 나왔다. "2개의 줄기세포로 10장의 사진을 찍어 부풀렸다"는 이 중대 증언은 시간이 흐를 수록 사실로 확인됐다. 황 교수팀은 감추기에 급급했으나 진실을 감추기에는 역부족이었다. 12월5일부터 생물학연구정보센터 소리마당 등 젊은 생명과학자들의 토론마당에서 잇따라 중복 사진 의혹이 제기되고, DNA지문분석 결과에서도 조작의 흔적들이 발견됐다. 검증을 위해 PD수첩에 건넨 줄기세포 5개의 DNA지문분석 결과에서도 2번 줄기세포의 경우 논문의 환자 체세포 DNA지문이 일치하는 않는 등 맞춤형 줄기세포가 아니라는 결과가 나오는 등 논문의 허점들이 속속 드러났다. 황 교수팀은 논문에 대한 의혹들이 계속해서 제기되자 사이언스에 테라토마(생체내 분화능력을 확인하는 검사)검사를 한 줄기세포는 7개가 아니라 3개 밖에 없다고 정정보고를 하고 사진 중복의 경우도 수백장의 사진을 분류하는 과정에서 발생한실수라며 변명을 늘어놓기에 바빴다. 결국 노성일 미즈메디병원 이사장이 "줄기세포가 없을 수 있다"고 폭탄발언을하고 난 뒤 황 교수는 "테라토마 사진에서 결정적 실수가 있었다. 줄기세포 사진에서도 인위적 실수가 있었다"며 논문 조작 사실을 시인하기에 이르렀다. 하지만 황 교수는 논문 조작이라는 과학자로서는 절대 해서는 안되는 엄청난 일을 저지르고도 느닷없이 맞춤형 줄기세포가 미즈메디병원의 수정란 줄기세포로 바뀌었다고 주장하며 불리한 상황을 모면하려는 모습을 보이고 있어 과학계에 실망을 안겨주고 있다.