참여정부의 부동산 세제개편이 지방자치단체의 재정자율성을 약화시키고 있다는 지적이 나왔다. 노영훈 한국조세연구원 선임연구위원은 24일 ‘부동산 보유 및 거래과세 구성변화와 재정적 과제’라는 보고서에서 “과거 건물분 재산세와 종합토지세로 구성돼 있던 보유세 체계가 토지ㆍ건물ㆍ주택 등을 포함하는 재산세(지방세)와 종합부동산세(국세) 체계로 개편되면서 보유세의 중앙 이전화 현상이 나타나고 있다”고 지적했다. 노 연구위원은 “종부세가 도입되기 전에 부동산 보유세는 시군구 등 기초자치단체가 거둬들였으나 국세인 종부세가 도입되면서 주택과세는 지방과 중앙정부가 나누게 됐다”며 “이에 따라 고가의 부동산이 많은 지역의 기초단체는 과거에 비해 자주재원이 줄어들게 됐다”고 설명했다. 예를 들어 10억원짜리 아파트의 경우 과거에는 보유세 모두 기초단체가 거뒀지만 올해의 경우 보유세 총액의 50%만이 지자체로 가고 나머지 50%는 종부세 명목으로 중앙정부에 귀속된다는 것이다. 노 연구위원은 “정부는 종부세 세수를 우선적으로 지자체의 세수감소분 보전에 사용하고 부동산지방교부세를 신설, 증가된 세수가 지역균형발전과 연계되도록 하고 있다”면서 “그러나 지자체 입장에서는 자주재원이 줄어든 만큼 재정의 자율성이나 책임성이 약화될 수 있다”고 말했다. 취득세ㆍ등록세 인하 등 거래세제의 변화도 지자체 세수입을 감소시켜 재정의 부실화를 발생시킬 수 있다고 노 연구위원은 지적했다.