최근 해양수산부의 물동량 예측치 축소 문제로 인천항 홀대 문제가 불거진 가운데 정부가 인천항을 이용하는 기업들로부터 매년 수조원의 관세를 징수하고도 부산이나 광양항에 비해 지역 인프라시설 투자를 사실상 기피해 온 것으로 나타나 논란이 일고있다. 인천시는 30일 ‘전국 항만분야의 주요 역차별 내용’을 자체 조사한 한 결과 인천항에서 거둬들인 관세의 일부분이 부산항이나 광양항 처럼 재투자 되지않고 방치돼 경쟁력을 상실하고 있다고 주장했다. 정부는 인천항을 이용하는 기업들로부터 지난 2001년부터 2003년까지 3년간 9조702억원의 관세를 징수했으나 이중 2.75%인 2,495억원만 인프라시설에 투자했다. 이에 비해 광양항은 1조770억원의 관세를 징수한후 징수액의 74.28%인 8,000억원을 투자했으며 부산항은 11조113억원의 관세를 징수해 10.83%인 8,000억원을 투자해 인천시와 큰 차이를 보이고 있다. 또 전국 6대 광역시의 국고보조금 지원 내역을 보면 최근 4년간 정부가 인천시에 지원한 국고보조금은 지난 2000년 2,547억원, 2001년 3,277억원, 2002년 3,579억원, 2003년 3,694억원, 2004년 4,185억원으로 조사됐다. 6대 광역시 평균 국고보조금이 2000년 2,800억원, 2001년 3,548억원, 2002년 3,729억원, 2003년 3,775억원, 2004년 4,304억원으로 인천시의 국고조조금액이 지난 5년간 6대 광역시 평균 보조액을 넘은 적이 단 한차례도 없다는 것이다. 이에 대해 인천시 관계자는 “서울 부산에 이은 3대 광역시 이자 우리나라의 미래를 견인 할 송도, 영종, 청라 경제자유구역을 거느린 인천시에 대한 정부의 지원은 인색차원을 넘어 역차별에 가깝다”고 말했다.